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这个包是3.1版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SeqGSEA。

基因集富集分析(GSEA) RNA-Seq数据:积分微分表达式和拼接

Bioconductor版本:3.1

包通常提供高通量的基因集富集方法分析RNA-Seq数据通过积分微分表达式和拼接。它使用负二项分布模型读取计算数据,占测序偏见和生物变异。基于排列测试,统计显著性也可以实现对每个基因的微分表达式和拼接,分别。

作者:ξ王<ξ。王在newcastle.edu.au >

维护人员:ξ王<ξ。王在mdc-berlin.de >

安装

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文档

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browseVignettes (“SeqGSEA”)

PDF	R脚本	基因集富集分析RNA-Seq SeqGSEA包数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GeneSetEnrichment,RNASeq,测序,软件
版本	1.8.1
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(3年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	Biobase,doParallel,DESeq
进口	方法,biomaRt
链接
建议	easyRNASeq,GenomicRanges
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	SeqGSEA_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	SeqGSEA_1.8.1.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	SeqGSEA_1.8.1.tgz
Mac OS X 10.9(小牛)	SeqGSEA_1.8.1.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/seqgsea/tree/release - 3.1
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SeqGSEA/
包下载报告	下载数据