##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“ariant”)

此包适用于Bioconductor的3.1版本;有关稳定的、最新的发布版本，请参见Rariant。

通过非一致碱基呼叫频率的变化来识别和评估单核苷酸变异

Bioconductor版本:3.1

Rariant软件包根据匹配样本之间的二项分布错配率的差异，从测序数据中识别单核苷酸变异。

作者:Julian Gehring, Simon Anders, Bernd Klaus (EMBL Heidelberg)

维护者:朱利安·格林<朱利安。格林在embl.de >

安装

要安装这个软件包，请从R开始，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“ariant”)

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Rariant”)

超文本标记语言	R脚本	Rariant
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GenomicVariation,测序,软件,SomaticMutation,StatisticalMethod,VariantDetection,可视化
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (R-3.1)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.0.2),GenomicRanges,VariantAnnotation
进口	IRanges,ggbio,ggplot2,exomeCopy,SomaticSignatures,Rsamtools,闪亮的、方法、VGAM,dplyr,reshape2,GenomeInfoDb,S4Vectors
链接
建议	h5vcData,testthat,knitr,optparse,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	Rariant_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	Rariant_1.4.0.zip
Mac OS X 10.6(雪豹)	Rariant_1.4.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	Rariant_1.4.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/Rariant/tree/release-3.1
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rariant/
包下载报告	下载数据