# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“RSVSim”)

这个包是3.1版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅RSVSim。

RSVSim: R / Bioconductor方案模拟的结构性变化

Bioconductor版本:3.1

RSVSim方案模拟的删除,插入,各种大小的反演,串联重复和易位在任何基因组作为FASTA-file或者BSgenome数据包可用。SV断点可以放置均匀横跨整个基因组,偏向于重复区域和地区高同源性(hg19)或用户提供的坐标。

作者:Christoph Bartenhagen

维护人员:Christoph Bartenhagen <克里斯托弗。在uni-muenster.de bartenhagen >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“RSVSim”)

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“RSVSim”)

PDF	R脚本	RSVSim: R / Bioconductor方案模拟的结构性变化
PDF		参考手册

细节

biocViews	测序,软件
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(3年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (> = 3.0.0),Biostrings,GenomicRanges
进口	方法,IRanges,ShortRead
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked,质量,rtracklayer
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	RSVSim_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	RSVSim_1.8.0.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	RSVSim_1.8.0.tgz
Mac OS X 10.9(小牛)	RSVSim_1.8.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/rsvsim/tree/release - 3.1
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RSVSim/
包下载报告	下载数据