要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“R453Plus1Toolbox”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

R453Plus1Toolbox

这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本,请参见R453Plus1Toolbox

用于从罗氏基因组测序系统导入和分析数据的软件包

Bioconductor版本:3.1

R453Plus1工具箱包括用于分析罗氏454测序平台生成的数据的有用功能。它增加了质量保证功能以及检测到的变体的注释和可视化功能,补充了罗氏提供的软件工具及其产品。此外,还提供了检测结构变异的管道。

作者:Hans-Ulrich Klein, Christoph Bartenhagen, Christian Ruckert

维护人员:Hans-Ulrich Klein

引文(从R内,输入引用(“R453Plus1Toolbox”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“R453Plus1Toolbox”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“R453Plus1Toolbox”)

PDF R脚本 用于从罗氏基因组测序系统导入和分析数据的软件包
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataImportDataRepresentation基础设施质量控制ReportWriting测序软件可视化
版本 1.18.0
在Bioconductor BioC 2.7 (R-2.12)(5.5年)
许可证 LGPL-3
取决于 R (>= 2.12.0),BiobaseBiostringsGenomicRangesIRanges
进口 BiocGenerics(> = 0.1.3),biomaRtBSgenomeXVector、方法、R2HTMLRsamtoolsShortReadVariantAnnotationxtable、工具、TeachingDemosS4Vectors
链接
建议 rtracklayerBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer2
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 R453Plus1Toolbox_1.18.0.tar.gz
Windows二进制 R453Plus1Toolbox_1.18.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) R453Plus1Toolbox_1.18.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks) R453Plus1Toolbox_1.18.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/R453Plus1Toolbox/tree/release-3.1
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/R453Plus1Toolbox/
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