要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“R453Plus1Toolbox”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本,请参见R453Plus1Toolbox.
Bioconductor版本:3.1
R453Plus1工具箱包括用于分析罗氏454测序平台生成的数据的有用功能。它增加了质量保证功能以及检测到的变体的注释和可视化功能,补充了罗氏提供的软件工具及其产品。此外,还提供了检测结构变异的管道。
作者:Hans-Ulrich Klein, Christoph Bartenhagen, Christian Ruckert
维护人员:Hans-Ulrich Klein
引文(从R内,输入引用(“R453Plus1Toolbox”)
):
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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“R453Plus1Toolbox”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“R453Plus1Toolbox”)
R脚本 | 用于从罗氏基因组测序系统导入和分析数据的软件包 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DataImport,DataRepresentation,基础设施,质量控制,ReportWriting,测序,软件,可视化 |
版本 | 1.18.0 |
在Bioconductor | BioC 2.7 (R-2.12)(5.5年) |
许可证 | LGPL-3 |
取决于 | R (>= 2.12.0),Biobase,Biostrings,GenomicRanges,IRanges |
进口 | BiocGenerics(> = 0.1.3),biomaRt,BSgenome,XVector、方法、R2HTML,Rsamtools,ShortRead,VariantAnnotation,xtable、工具、TeachingDemos,S4Vectors |
链接 | |
建议 | rtracklayer,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer2 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | R453Plus1Toolbox_1.18.0.tar.gz |
Windows二进制 | R453Plus1Toolbox_1.18.0.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | R453Plus1Toolbox_1.18.0.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | R453Plus1Toolbox_1.18.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/R453Plus1Toolbox/tree/release-3.1 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/R453Plus1Toolbox/ |
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