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这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本，请参见QDNAseq．

染色体畸变的定量DNA测序

Bioconductor版本:3.1

染色体畸变的定量DNA测序。将基因组划分为不重叠的固定大小的bin，计算每个bin中的序列reads数量，同时使用二维黄土校正来调整序列可映射性和GC含量，并过滤以去除基因组中的伪区域。分割和调用的下游步骤也分别通过包DNAcopy和CGHcall实现。

作者:Ilari Scheinin [aut]， Daoud Sie [aut, cre]， Henrik Bengtsson [aut]

维护人员:Daoud Sie

安装

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文档

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browseVignettes(“QDNAseq”)

PDF	R脚本	qdnnaseq简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，DNASeq，遗传学，GenomeAnnotation，预处理，质量控制，测序，软件
版本	1.4.2
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(2年)
许可证	GPL
取决于	R (>= 2.15.0)
进口	图形，方法，统计，utils，matrixStats(> = 0.13.1),R.utils(> = 1.28.4),Biobase(> = 2.18.0),CGHbase(> = 1.18.0),CGHcall(> = 2.18.0),DNAcopy(> = 1.32.0),Rsamtools(> = 1.19.17)
链接
建议	R.cache(> = 0.9.0),消化，降雪，BSgenome，GenomeInfoDb
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ccagc/QDNAseq
BugReports	https://github.com/ccagc/QDNAseq/issues
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	QDNAseq_1.4.2.tar.gz
Windows二进制	QDNAseq_1.4.2.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	QDNAseq_1.4.2.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	QDNAseq_1.4.2.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/QDNAseq/tree/release-3.1
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/QDNAseq/
软件包下载报告	下载数据