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这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本，请参见NarrowPeaks．

基于形状的基于功能PCA的ChIP-Seq变异分析

Bioconductor版本:3.1

(1)通过在一组读取丰富的区域(ChIP-Seq峰值)上应用FPCA，以摆动轨道格式(WIG)处理通常由ChIP-Seq峰值调用者产生的数据。这样做是为了缩短基因组位置，占浓缩分数档案之间的变异的给定比例。“窄峰”函数允许分离和修剪彼此接近的结合位点，缩小假定的转录因子结合位点的长度，同时保留数据集可变性中的信息，并捕获主要变异源。(2)分析多个重复ChIP-Seq样本之间的差异变异。“窄峰diff”函数量化了形状之间的差异，并对功能主成分评分使用霍特林的T2检验，以确定不同条件下的显著差异。

作者:Pedro Madrigal . uk>

维护者:Pedro Madrigal

安装

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文档

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PDF	R脚本	NarrowPeaks装饰图案。基于形状的分割和修剪ChIP-Seq峰值使用功能主成分
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，遗传学，测序，软件，转录，可视化
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 2.10 (R-2.15)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.10.0)，样条
进口	BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，GenomicRanges，GenomeInfoDb，食品及药物管理局，CSAR，ICSNP
链接
建议	rtracklayer，BiocStyle，GenomicRanges，CSAR
SystemRequirements
增强了
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	NarrowPeaks_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	NarrowPeaks_1.12.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	NarrowPeaks_1.12.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	NarrowPeaks_1.12.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/NarrowPeaks/tree/release-3.1
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NarrowPeaks/
软件包下载报告	下载数据