##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("IsoGeneGUI")

此包适用于Bioconductor的3.1版本;有关稳定的最新发布版本，请参见IsoGeneGUI．

进行微阵列数据剂量-响应分析的图形用户界面

Bioconductor版本:3.1

IsoGene图形用户界面(IsoGene- gui)是IsoGene包的一个用户友好的界面，旨在识别表达水平随剂量增加而呈单调趋势的基因。此外，原始包的GUI扩展包含各种工具来执行剂量-反应曲线的聚类。通过几种检验统计数据进行检验:全局似然比检验(E2)、Bartholomew 1961、Barlow等人1972和Robertson等人1988)、Williams(1971、1972)、Marcus(1976)、M (Hu等人2005)和修正M (Lin等人2007)。利用精确分布和排列得到了全局似然比检验(E2)的p值。其他四个测试统计信息是使用排列获得的。提供了几种p值调整:Bonferroni, Holm (1979)， Hochberg(1988)和Sidak程序用于控制家庭型I型误误率(FWER)， BH (Benjamini和Hochberg 1995)和BY (Benjamini和Yekutieli 2001)程序用于控制FDR。推理基于重采样方法，该方法控制了排列(Ge等人，2003)和微阵列显著性分析(SAM, Tusher等人，2001)的错误发现率(FDR)。聚类方法是从CRAN包、ORCME、ORIClust中外包的。打包ORCME是基于delta聚类方法(Cheng and Church, 2000)和ORIClust on Order Restricted Information Criterion (Liu et al.， 2009)，两者执行相同的任务，但视角不同，其输出是基因的聚类。此外，IsoGene-GUI还包括基于包goric的广义ORIC (Kuiper et al.， 2014)对给定基因的序列选择和基于包orQA的E2排列测试。 None of these four packages has GUI.

作者:Setia Pramana, Dan Lin, Philippe Haldermans, Tobias Verbeke, Martin Otava

维护者:Setia Pramana < Setia。在ki.se pramana >

安装

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文档

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browseVignettes(“IsoGeneGUI”)

PDF	R脚本	IsoGeneGUI装饰图案
PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialExpression，GUI，微阵列，软件
版本	测试盒框
Bioconductor自	BioC 2.7 (R-2.12)(5.5年)
许可证	GPL-2
取决于	tcltk,xlsx
进口	Rcpp，tkrplot，乘，relimp，geneplotter，RColorBrewer，Iso，IsoGene，ORCME，ORIClust，orQA，goric，ff，Biobase，jpeg
链接
建议	RUnit
SystemRequirements
增强了
URL	http://ibiostat.be/online-resources/online-resources/isogenegui/isogenegui-package
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	IsoGeneGUI_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	IsoGeneGUI_2.4.0.zip
Mac OS X 10.6(雪豹)	IsoGeneGUI_2.4.0.tgz
Mac OS X 10.9(小牛队)	IsoGeneGUI_2.4.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/IsoGeneGUI/tree/release-3.1
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/IsoGeneGUI/
包下载报告	下载数据