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此包适用于Bioconductor的3.1版本;有关稳定的、最新的发布版本，请参见GlobalAncova。

计算组间差异基因表达的全局测试

Bioconductor版本:3.1

我们给出以下论点来支持GlobalAncova方法:经过适当的规范化，基因表达数据看起来相当对称，异常值不是真正的问题，所以最小二乘应该相当稳健。具有交互作用的ANCOVA可产生饱和数据模型，如每组和基因的不同平均数。协变量调整可以帮助纠正可能的选择偏差。方差同质性和不相关残差不能被期望。应用普通最小二乘给出无偏的，但不再是最优估计(高斯-马尔可夫-艾特肯)。因此，由于相关性，使用经典的f检验是不合适的。然而，检验统计量反映了与原假设的偏差。结合置换方法，经验显著性水平可以近似。或者，近似值产生渐近的p值。这项工作由德国联邦教务处(BMBF)的NGFN拨款01 GR 0459支持。

作者:U. Mansmann, R. Meister, M. Hummel, R. Scheufele, S. Knueppel

维护人员:Manuela Hummel

安装

要安装这个软件包，请从R开始，然后输入:

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文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GlobalAncova”)

PDF	R脚本	GlobalAncova.pdf
PDF	R脚本	GlobalAncovaDecomp.pdf
PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialExpression,微阵列,OneChannel,通路,软件
版本	3.36.0
Bioconductor自	BioC 1.7 (R-2.2)(10.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	方法,corpcor,globaltest
进口	注释,AnnotationDbi
链接
建议	Biobase,注释,GO.db,KEGG.db,golubEsets,hu6800.db,vsn,GSEABase,Rgraphviz
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	GlobalAncova_3.36.0.tar.gz
Windows二进制	GlobalAncova_3.36.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6(雪豹)	GlobalAncova_3.36.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	GlobalAncova_3.36.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/GlobalAncova/tree/release-3.1
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GlobalAncova/
包下载报告	下载数据