要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“GGtools”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本,请参见GGtools.
Bioconductor版本:3.1
用于基因表达和/或DNA甲基化遗传学分析的软件和数据
作者:VJ Carey
维护者:VJ Carey
引文(从R内,输入引用(“GGtools”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“GGtools”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“GGtools”)
R脚本 | GGtools: eQTL鉴定软件 | |
参考手册 | ||
文本 | 自述 | |
文本 | 新闻 |
biocViews | GeneExpression,GeneticVariability,遗传学,单核苷酸多态性,软件 |
版本 | 5.4.0 |
在Bioconductor | BioC 1.9 (R-2.4)(9.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 2.14),GGBase(> = 3.19.7),data.table、并行 |
进口 | 方法,utils,统计,BiocGenerics,snpStats,ff,Rsamtools,AnnotationDbi,Biobase,位,VariantAnnotation,hexbin,rtracklayer,Gvizstats4,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,迭代器,Biostrings,ROCR,biglm,ggplot2,reshape2 |
链接 | |
建议 | GGdata,illuminaHumanv1.db,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608,乘,大气气溶胶,rmeta |
SystemRequirements | |
增强了 | MatrixEQTL,Homo.sapiens,foreach,doParallel,gwascat |
URL | |
全靠我 | ceu1kg,cgdv17,cheung2010,encoDnaseI,ggtut |
进口我 | ceuhm3 |
建议我 | GGBase,gQTLBase,hmyriB36,ind1KG |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | GGtools_5.4.0.tar.gz |
Windows二进制 | GGtools_5.4.0.zip |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | GGtools_5.4.0.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | GGtools_5.4.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/GGtools/tree/release-3.1 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GGtools/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |