要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“FunciSNP”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

FunciSNP

这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本,请参见FunciSNP

整合功能性非编码数据集与遗传关联研究以识别候选调控snp

Bioconductor版本:3.1

FunciSNP整合了来自GWAS、1000个基因组和染色质特征的信息,以识别编码或非编码区域的功能性SNP。

作者:Simon G. Coetzee < Simon at simoncoetzee.com>和Houtan Noushmehr,博士< Houtan at usp.br>

维护者:Simon G. Coetzee < Simon at simoncoetzee.com>

引文(从R内,输入引用(“FunciSNP”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“FunciSNP”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“FunciSNP”)

PDF R脚本 FunciSNP装饰图案
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释DataImportDataRepresentation基础设施SequenceMatching软件
版本 1.10.0
在Bioconductor BioC 2.11 (R-2.15)(3.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 2.14.0),ggplot2TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneFunciSNP.data
进口 AnnotationDbiIRangesRsamtools(> = 1.6.1),rtracklayer(>= 1.14.1),方法ChIPpeakAnno(> = 2.2.0),GenomicRangesVariantAnnotationplyrorg.Hs.eg.dbsnpStatsggplot2(> = 0.9.0),重塑(> = 0.8.4),尺度
链接
建议
SystemRequirements
增强了 平行
URL http://coetzeeseq.usc.edu/publication/Coetzee_SG_et_al_2012/
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 FunciSNP_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 FunciSNP_1.10.0.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) FunciSNP_1.10.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks) FunciSNP_1.10.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/FunciSNP/tree/release-3.1
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/FunciSNP/
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