要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“FunciSNP”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本,请参见FunciSNP.
Bioconductor版本:3.1
FunciSNP整合了来自GWAS、1000个基因组和染色质特征的信息,以识别编码或非编码区域的功能性SNP。
作者:Simon G. Coetzee < Simon at simoncoetzee.com>和Houtan Noushmehr,博士< Houtan at usp.br>
维护者:Simon G. Coetzee < Simon at simoncoetzee.com>
引文(从R内,输入引用(“FunciSNP”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“FunciSNP”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“FunciSNP”)
R脚本 | FunciSNP装饰图案 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 注释,DataImport,DataRepresentation,基础设施,SequenceMatching,软件 |
版本 | 1.10.0 |
在Bioconductor | BioC 2.11 (R-2.15)(3.5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 2.14.0),ggplot2,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,FunciSNP.data |
进口 | AnnotationDbi,IRanges,Rsamtools(> = 1.6.1),rtracklayer(>= 1.14.1),方法ChIPpeakAnno(> = 2.2.0),GenomicRanges,VariantAnnotation,plyr,org.Hs.eg.db,snpStats,ggplot2(> = 0.9.0),重塑(> = 0.8.4),尺度 |
链接 | |
建议 | |
SystemRequirements | |
增强了 | 平行 |
URL | http://coetzeeseq.usc.edu/publication/Coetzee_SG_et_al_2012/ |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | FunciSNP_1.10.0.tar.gz |
Windows二进制 | FunciSNP_1.10.0.zip |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | FunciSNP_1.10.0.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | FunciSNP_1.10.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/FunciSNP/tree/release-3.1 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/FunciSNP/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |