要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“EDASeq”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本,请参见EDASeq.
Bioconductor版本:3.1
RNA-Seq读取数据的数值和图形摘要。用于调整gc含量对读取计数的影响(或其他基因水平效应)的巷内归一化程序:黄土稳健局部回归、全局标度和全分位数归一化(Risso等,2011)。调整车道间分布差异(例如,排序深度)的车道间归一化程序:全局尺度和全分位数归一化(布拉德等人,2010年)。
作者:Davide Risso和Sandrine Dudoit
维护者:Davide Risso < Risso。Davide在gmail.com>
引文(从R内,输入引用(“EDASeq”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“EDASeq”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“EDASeq”)
R脚本 | EDASeq: RNA-Seq数据的探索性数据分析和归一化 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DifferentialExpression,预处理,质量控制,RNASeq,测序,软件 |
版本 | 2.2.0 |
在Bioconductor | BioC 2.9 (R-2.14)(4.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | Biobase(> = 2.15.1),ShortRead(> = 1.11.42) |
进口 | 方法、图形BiocGenerics,IRanges(> = 1.13.9),DESeq,aroma.light,Rsamtools(> = 1.5.75) |
链接 | |
建议 | BiocStyle,knitr,yeastRNASeq,leeBamViews,刨边机,KernSmooth |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | metaseqR,RUVSeq |
进口我 | EnrichmentBrowser |
建议我 | HTSFilter,oneChannelGUI |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | EDASeq_2.2.0.tar.gz |
Windows二进制 | EDASeq_2.2.0.zip |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | EDASeq_2.2.0.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | EDASeq_2.2.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/EDASeq/tree/release-3.1 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/EDASeq/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |