要安装这个包,开始R,然后输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源代码("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("DSS")
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
此包适用于Bioconductor的3.1版本;有关稳定的最新发布版本,请参见DSS.
Bioconductor版本:3.1
DSS是一个R库,对基于计数的测序数据进行差分分析。它从RNA-seq中检测差异表达基因(DEGs),从亚硫酸氢盐测序(BS-seq)中检测差异甲基化位点或区域(DML/DMRs)。DSS的核心是一种新的从γ -泊松分布或β -二项分布估计弥散参数的弥散收缩方法。
作者:Hao Wu < Hao。吴:emory.edu >
维护人员:Hao Wu < Hao。吴:emory.edu >
引用(从R中,输入引用(DSS)
):
要安装这个包,开始R,然后输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源代码("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("DSS")
要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:
browseVignettes (DSS)
R脚本 | 弥散收缩RNA-seq数据的差异表达 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | ChIPSeq,DNAMethylation,DifferentialExpression,RNASeq,测序,软件 |
版本 | 2.6.0 |
Bioconductor自 | BioC 2.11 (R-2.15)(3.5年) |
许可证 | GPL |
取决于 | Biobase,bsseq、样条函数、方法 |
进口 | |
链接 | |
建议 | BiocStyle |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | 适当的 |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
包的来源 | DSS_2.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | DSS_2.6.0.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.6(雪豹) | DSS_2.6.0.tgz |
Mac OS X 10.9(小牛队) | DSS_2.6.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/DSS/tree/release-3.1 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/DSS/ |
包下载报告 | 下载数据 |