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此包适用于Bioconductor的3.1版本;有关稳定的、最新的发布版本，请参见DOQTL。

DO小鼠的基因分型和QTL定位

Bioconductor版本:3.1

DOQTL是为多样性离育小鼠和其他多亲本离育群体设计的数量性状位点(QTL)定位管道。该包从基因分型数组中读取数据，并使用隐马尔科夫模型(HMM)进行单倍型重构。然后使用HMM的单倍型概率进行连锁映射。当奠基者序列可用时，DOQTL可以利用单倍型重构将奠基者序列插入到DO基因组中，并进行关联映射。

作者:Daniel Gatti, Karl Broman, Andrey Shabalin

维护者:丹尼尔·加蒂<丹。•加蒂jax.org >

安装

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文档

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browseVignettes(“DOQTL”)

PDF	R脚本	利用多样性远系小鼠进行QTL定位
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneticVariability,遗传学,HiddenMarkovModel,单核苷酸多态性,软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (R-3.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 2.10.0)
进口	注释,annotationTools,biomaRt,Biobase,BiocGenerics,corpcor,GenomicRanges,hwriter,IRanges,mclust,MUGAExampleData,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,QTLRel,Rsamtools,RUnit,XML,S4Vectors
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL	http://do.jax.org
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	DOQTL_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	DOQTL_1.2.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6(雪豹)	DOQTL_1.2.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	DOQTL_1.2.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/DOQTL/tree/release-3.1
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DOQTL/
包下载报告	下载数据