##尝试http：//如果不支持https：// URL（“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”）bioclite（“ chippeakanno”）

此软件包适用于生物导体的3.1版；对于稳定的最新版本，请参阅Chippeakanno。

从CHIP-SEQ，CHIP-CHIP实验或任何实验中鉴定出的峰的分批注释导致大量染色体范围。

生物导体版本：3.1

该软件包包括以检索峰周围序列，获得富集基因本体（GO）术语，找到最近的基因，外显子，miRNA或自定义特征（例如大多数保守元素以及用户提供的其他转录因子结合位点）的功能。从2.0.5开始，已经添加了新功能，以查找具有摘要统计数据（峰值nearbdp）的双向启动子的峰值，以汇总峰（SummarizepatterninInpeaks）中的基序的发生，并将其他IDS添加到带注释的峰或富集的峰（Addgeneids）（）。此软件包利用Biomart，Iranges，BioStrings，BSGENOME，GO.DB，MULTETEST和STAT软件包

作者：Lihua Julie Zhu，Jianhong OU，Herve Pages，Claude Gazin，Nathan Lawson，Ryan Thompson，Simon Lin，David Lapointe和Michael Green

维护者：lihua julie zhu ，jianhong ou

安装

要安装此软件包，请启动R并输入：

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文档

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Browsevignettes（“ Chippeakanno”）

PDF	R脚本	Chippeakanno Vignette
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，chipseq，，，，芯片，，，，软件
版本	3.2.2
在生物导体中	Bioc 2.5（R-2.10）（6。5年）
执照	GPL（> = 2）
依靠	r（> = 2.10），网格，Venndiagram，，，，Biomart，，，，iranges，，，，生物弦，，，，基因组机
进口	生物基因（> = 0.1.0），go.db，，，，BSGENOME，，，，GenomicFeatures，，，，AnnotationDbi，，，，林玛，，，，多检验，，，，rbgl，，，，图形，，，，Biocinstaller，统计
链接
建议	Reactome.db，，，，bsgenome.ecoli.ncbi.20080805，，，，org.ce.eg.db，，，，org.hs.eg.db，，，，bsgenome.celegans.ucsc.ce10，，，，BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER7，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，GPLOTS，，，，运行，，，，生物使用，，，，rtracklayer
系统要求
增强
URL
取决于我	ggtut，，，，redseq
进口我	funcisnp，，，，redseq
建议我	ggtut，，，，Onechannelgui，，，，R3CPET，，，，Ripseeker
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

包源	chippeakanno_3.2.2.2.tar.gz
Windows二进制	chippeakanno_3.2.2.2.zip
Mac OS X 10.6（雪豹）	chippeakanno_3.2.2.2.tgz
Mac OS X 10.9（Mavericks）	chippeakanno_3.2.2.2.tgz
颠覆源	（用户名/密码：ReadOnly）
git源	https://github.com/bioconductor-mirror/chippeakanno/tree/release-3.1
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/chippeakanno/
软件包下载报告	下载统计