要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“ChIPXpress”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本,请参见ChIPXpress.
Bioconductor版本:3.1
ChIPXpress将从ChIPx数据中预测的TF结合基因作为输入,并使用从NCBI GEO下载的相应基因表达谱数据库对TF结合靶点按最有可能是功能TF靶点的基因排序。
作者:George Wu
维护者:George Wu
引文(从R内,输入引用(“ChIPXpress”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“ChIPXpress”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“ChIPXpress”)
R脚本 | ChIPXpress | |
参考手册 |
biocViews | ChIPSeq,ChIPchip,软件 |
版本 | 1.10.0 |
在Bioconductor | BioC 2.11 (R-2.15)(3.5年) |
许可证 | GPL (> = 2) |
取决于 | R (>= 2.10),ChIPXpressData |
进口 | Biobase,GEOquery,frma,affy,bigmemory,biganalytics |
链接 | |
建议 | mouse4302frmavecs,mouse4302.db,mouse4302cdf,RUnit,BiocGenerics |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | ChIPXpress_1.10.0.tar.gz |
Windows二进制 | |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | ChIPXpress_1.10.0.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | ChIPXpress_1.10.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/ChIPXpress/tree/release-3.1 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPXpress/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |