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这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本，请参见ChIPQC．

ChIPseq数据的质量度量

Bioconductor版本:3.1

ChIPseq数据的质量度量

作者:汤姆·卡罗尔，刘伟，伊内斯·德·圣地亚哥，罗里·斯塔克

维护者:Tom Carroll ， Rory Stark < Rory。Stark在cruk.cam.ac.uk>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“ChIPQC”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ChIPQC”)

PDF	R脚本	与ChIPQC一起评估ChIP-seq样品质量
PDF		ChIPQCSampleReport.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，质量控制，ReportWriting，测序，软件
版本	1.4.4
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(2年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 3.0.0)，ggplot2，DiffBind，GenomicRanges(> = 1.17.19)
进口	BiocGenerics(> = 0.11.3),S4Vectors(> = 0.1.0),IRanges(> = 1.99.17),Rsamtools(> = 1.17.28),GenomicAlignments(> = 1.1.16),chipseq(> = 1.12.0),gtools，BiocParallel、方法、reshape2，喷嘴。R1，Biobase， grDevices, stats, utils
链接
建议	BiocStyle，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene，TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn4.ensGene，TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	ChIPQC_1.4.4.tar.gz
Windows二进制	ChIPQC_1.4.4.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	ChIPQC_1.4.4.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	ChIPQC_1.4.4.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/ChIPQC/tree/release-3.1
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPQC/
软件包下载报告	下载数据