要安装此软件包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// URL不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ csar”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。
此软件包适用于生物导体的3.1版;对于稳定的最新版本,请参阅CSAR。
生物导体版本:3.1
CHIP-SEQ数据分析的统计工具。该软件包包括Kaufmann等人中描述的统计方法。(2009)PLOS生物学:7(4):E1000090。简而言之,该软件计算出基因组单核苷酸读取值的平均DNA片段大小。归一化后,使用基于泊松分布的测试比较样品和对照。测试统计阈值控制错误的发现率是通过随机排列获得的。
作者:Jose M Muino
维护者:Jose M Muino
引用(从r内,输入引用(“ CSAR”)
):
要安装此软件包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// URL不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ csar”)
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ CSAR”)
R脚本 | CSAR VIGNETTE | |
参考手册 |
生物浏览 | chipseq,,,,遗传学,,,,软件,,,,转录 |
版本 | 1.20.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.6(R-2.11)(6年) |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | r(> = 2.15.0),S4VECTORS,,,,iranges,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机 |
进口 | 统计,utils |
链接 | |
建议 | Shortread,,,,生物弦 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | 狭窄 |
建议我 | 狭窄 |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
包源 | csar_1.20.0.tar.gz |
Windows二进制 | csar_1.20.0.zip(32-和64位) |
Mac OS X 10.6(雪豹) | csar_1.20.0.tgz |
Mac OS X 10.9(Mavericks) | csar_1.20.0.tgz |
颠覆源 | (用户名/密码:ReadOnly) |
git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/csar/tree/release-3.1 |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/csar/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |