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这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本，请参见CRISPRseek．

CRISPR-Cas9基因组编辑系统中靶向导向rna的设计

Bioconductor版本:3.1

该软件包包括为输入目标序列寻找潜在的引导rna，可选地过滤没有限制性内切酶切割位点的引导rna，或没有配对的引导rna，全基因组搜索脱靶，评分，排序，获取侧翼序列，并指示目标和脱靶是否位于外显子区域。潜在的引导rna用gRNA功效、top5和topN脱靶总分、详细的topN错配位点、限制性内切酶切割位点和配对的引导rna进行标注。如果安装了GeneRfold，则汇总文件中将包含gRNA和gRNA骨干常数区域二级结构的最小自由能和括号。这个包利用Biostrings和BSgenome包。

作者:朱丽华，Benjamin R. Holmes, Herve Pages, Isana Veksler-Lublinsky, Victor Ambros, Neil Aronin, Michael Brodsky

维护者:朱丽华朱莉<朱莉。在umassmed.edu>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

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文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CRISPRseek”)

PDF	R脚本	CRISPRseek装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneRegulation，SequenceMatching，软件
版本	1.8.1
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(2年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.0.1)，BiocGenerics，Biostrings，BSgenome，seqinr
进口
链接
建议	RUnit，BiocStyle，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
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建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	CRISPRseek_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	CRISPRseek_1.8.1.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	CRISPRseek_1.8.1.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	CRISPRseek_1.8.1.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/CRISPRseek/tree/release-3.1
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CRISPRseek/
软件包下载报告	下载数据