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这个包适用于Bioconductor 3.1版;有关稳定的最新发布版本，请参见ALDEx2．

考虑样本变异的差异丰度分析

Bioconductor版本:3.1

对两个或多个条件进行比较的差异丰度分析。例如，单生物和元rna -seq高通量测序分析，或从体外序列选择中选择和未选择的值。使用狄利克雷多项式模型从计数推断丰度，该模型已优化为三个或更多的实验重复。使用Wilcox秩检验或Welches t检验(aldex.ttest)或glm和Kruskal Wallis检验(aldex.glm)推断抽样变异并计算给定生物学和抽样变异的预期错误发现率。报告通过Benjamini Hochberg校正计算的P和fdr值。

作者:Greg Gloor, Ruth Grace Wong, Andrew Fernandes, Arianne Albert, Matt Links

维护者:Greg Gloor

安装

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文档

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browseVignettes(“ALDEx2”)

PDF	R脚本	在高通量测序实验中测定差异丰度的R包
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	贝叶斯，ChIPSeq，DNASeq，DifferentialExpression，GeneExpression，RNASeq，测序，软件
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(1.5年)
许可证	文件许可
取决于	方法,GenomicRanges
进口
链接
建议	平行,BiocParallel
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	ALDEx2_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	ALDEx2_1.0.0.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	ALDEx2_1.0.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	ALDEx2_1.0.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/ALDEx2/tree/release-3.1
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ALDEx2/
软件包下载报告	下载数据