###从vignette源的vignettes/encoDnaseI/inst/doc/dnaseUse的代码。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:lkc ################################################### (rawCD4) rawCD4库(encoDnaseI)数据 ################################################### ### 代码块2号:lkd ################################################### c19g = rawCD4 [chrnum (19)] c19g ################################################### ### 代码块3号:lklk ################################################### (c19gxy c19gxy = getTrkXY (c19g)阴谋 ) ################################################### ### 代码块4号:doinf ################################################### clipSnps = function(sms, chrn, lo, hi) {allp = getSnpLocs(sms) allp = allp-allp[1] #相对ok = allp >= lo & allp <= hi thesm = smList(sms)[[1]] rsn = colnames(thesm) rid = rsn[which(ok)] thesm = thesm[， rid, drop=FALSE] nn = new.env() tmp = list(thesm) names(tmp) = as.character(chrn) assign("smList"， tmp，nn) sms@smlEnv = nn sms@activeSnpInds = (ok)短信}rangeX =功能(htrk){范围(getTrkXY (htrk) $ x ) } ################################################### ### 代码块5号:大支 ################################################### 图书馆(GGtools)图书馆(GGdata)段h19 =得到(“GGdata”、“19”)rs19g = rangeX (c19g)库(SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506) c19l = getSNPlocs(“chr19”)h19locs = rbind (rsid = as.numeric (c19l [" RefSNP_id "]), loc = as.numeric (c19l[,“疯狂的”]))# h19locs = getSNPlocs (hmceuB36 [chrnum (19))) [[1]] goodlocs =, (h19locs [2] > = rs19g [1] & h19locs [2] < = rs19g [2]) h19rsn =粘贴(“rs”,h19locs [1, goodlocs],9月= " ")h19trim =段h19 [rsid (h19rsn)] #好# c19gf = clipSnps (hmceuB36 [chrnum (19)], chrnum (19), rs19g [1], rs19g [2]) # c19gf ################################################### ### 代码块6号:lkmxi1 ################################################### oo =选项()#不要在多个探测器警告……购者自慎选项(警告= 0)库(GGtools) showMethods(“gwSnpTests”)smxi1 = gwSnpTests (genesym (MXI1) ~ 1 - 1, h19trim, chrnum (19)) (oo smxi1 #地块(smxi1)选项 ) ################################################### ### 代码块7号:司法部 ################################################### print (juxtaPlot (c19g smxi1 h19locs )) ################################################### ### 代码块8号:donex ################################################### oo =选项()选项(警告= 0)sOSR2 = gwSnpTests (genesym (OSR2) ~ 1 - 1, h19trim, chrnum(19))打印(juxtaPlot (c19g, sOSR2 h19locs))选项(oo)