### R代码来自Vignette Source'Vignettes/spia/inst/doc/spia.rnw'#########################################################################3）头（顶）###################################################### ###代码块数字2：SPIA.RNW：99-108 ##############################################################）top <-top [！is.na（top $ entrez），] top <-top [！重复（top $ entrez），] tg1 <-top [top $ adj.p.val <0.1，] de_coleorectal =tg1 $ logfc names（de_colorectal）< - as.vector（tg1 $ entrez）all_colectal = top $ entrez #########################################################################] ################################ ###代码块编号4：spia.rnw：127-133 #########################################################＃使用nb = 2000或更多以获得更准确的结果res = spia（de = de_coleRorectal，all = all_colorectal，有机体=“ hsa”，nb = 2000，plots = false，beta = null，beta = null，combine =“ fisher”，verbose = false = false）#make输出适合此屏幕res $ name = substr（res $ name，1,10）#show首15个途径，省略kegg链接res [1：20，-12] #############################################.rnw：156-159 ######################################################## plotp（res，阈值= 0.05）点（i（-log（ppert））col =“绿色”，PCH = 19，cex = 1.5）######################################################## ### code chunk number 6: SPIA.Rnw:186-193 ################################################### res$pG=combfunc(res$pNDE,res$pPERT,combine="norminv") res$pGFdr=p.adjust(res$pG,"fdr") res$pGFWER=p.adjust(res$pG,"bonferroni") plotP(res,threshold=0.05) points(I(-log(pPERT))~I(-log(pNDE)),data=res[res$ID=="05210",],col="green",pch=19,cex=1.5) ################################################### ### code chunk number 7: SPIA.Rnw:209-216 ################################################### data(Vessels) # pathway analysis based on combined evidence; # use nB=2000 or more for more accurate results res<-spia(de=DE_Vessels,all=ALL_Vessels,organism="hsa",nB=500,plots=FALSE,beta=NULL,verbose=FALSE) #make the output fit this screen res$Name=substr(res$Name,1,10) #show first 15 pathways, omit KEGG links res[1:15,-12] ################################################### ### code chunk number 8: SPIA.Rnw:222-223 ################################################### res[,"KEGGLINK"][20] ################################################### ### code chunk number 9: SPIA.Rnw:235-246 ################################################### rel<-c("activation","compound","binding/association","expression","inhibition", "activation_phosphorylation","phosphorylation","inhibition_phosphorylation", "inhibition_dephosphorylation","dissociation","dephosphorylation", "activation_dephosphorylation","state change","activation_indirect effect", "inhibition_ubiquination","ubiquination", "expression_indirect effect", "inhibition_indirect effect","repression","dissociation_phosphorylation", "indirect effect_phosphorylation","activation_binding/association", "indirect effect","activation_compound","activation_ubiquination") beta=c(1,0,0,1,-1,1,0,-1,-1,0,0,1,0,1,-1,0,1,-1,-1,0,0,1,0,1,1) names(beta)<-rel cbind(beta) ################################################### ### code chunk number 10: SPIA.Rnw:255-258 ################################################### load(file=paste(system.file("extdata/hsaSPIA.RData",package="SPIA"))) names(path.info[["05210"]]) path.info[["05210"]][["activation"]][25:35,30:40] ################################################### ### code chunk number 11: SPIA.Rnw:267-286 ################################################### library(graph) library(Rgraphviz) plotG<-function(B){ nnms<-NULL;colls<-NULL mynodes<-colnames(B) L<-list(); n<-dim(B)[1] for (i in 1:n){ L[i]<-list(edges=rownames(B)[abs(B[,i])>0]) if(sum(B[,i]!=0)>0){ nnms<-c(nnms,paste(colnames(B)[i],rownames(B)[B[,i]!=0],sep="~")) } } names(L)<-rownames(B) g<-new("graphNEL",nodes=mynodes,edgeL=L,edgemode="directed") plot(g) } ################################################### ### code chunk number 12: SPIA.Rnw:295-296 ################################################### plotG(path.info[["04012"]][["activation"]]) ################################################### ### code chunk number 13: SPIA.Rnw:312-317 ################################################### mydir=system.file("extdata/keggxml/hsa",package="SPIA") dir(mydir) makeSPIAdata(kgml.path=mydir,organism="hsa",out.path="./") res<-spia(de=DE_Colorectal, all=ALL_Colorectal, organism="hsa",data.dir="./") res[,-12]