要安装此软件包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ vsn”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。
该软件包适用于生物导体的3.0版;对于稳定的最新版本,请参阅VSN。
生物导体版本:3.0
该软件包实现了一种用于在数组内和数组之间的颜色之间的微阵列强度标准化的方法。该方法对参考文献中描述的微阵列数据的随机模型使用了最大似然估计量的鲁棒变体(请参见Vignette)。该模型结合了数据校准(又称归一化),一个依赖差异对平均强度的模型以及方差稳定数据转换。转化强度之间的差异类似于“归一化log-ratios”。但是,与后者相反,它们的方差与均值无关,并且通常在检测差异转录时更敏感和特异性。
作者:Wolfgang Huber,来自Anja von Heydebreck的贡献。用户的许多评论和建议都得到了认可,其中包括丹尼斯·科斯特卡,戴维·克雷尔,汉斯·乌尔里希·克莱因,罗伯特·绅士,迪帕扬·萨卡尔和戈登·史密斯。
维护者:wolfgang huber
引用(从r内,输入引用(“ VSN”)
):
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要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ VSN”)
R脚本 | VSN简介 | |
R脚本 | VSN的似然计算 | |
R脚本 | 通过模拟数据验证和评估性能 | |
参考手册 |
生物浏览 | 微阵列,,,,Onechannel,,,,预处理,,,,软件,,,,两通道 |
版本 | 3.34.0 |
在生物导体中 | Bioc 1.6(R-2.1)或更早(> 11年) |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | r(> = 2.10),生物酶(> = 2.5.5) |
进口 | 方法,副词(> = 1.23.4),林玛,,,,格子 |
链接 | |
建议 | Affydata,,,,HGU95AV2CDF |
系统要求 | |
增强 | |
URL | http://www.r-project.orghttp://www.ebi.ac.uk/huber |
取决于我 | 艾爱,,,,CellHTS2,,,,mmpalatemirna,,,,Webbioc |
进口我 | ArrayQualityMetrics,,,,ImageHts,,,,lvsmirna,,,,metaseqr,,,,MSNBase,,,,PVCA,,,,林戈,,,,蒂格拉里 |
建议我 | adsplit,,,,Beadarray,,,,生物探测,,,,Cellhts,,,,deseq,,,,deseq2,,,,雌激素,,,,GGBIO,,,,Globalancova,,,,全球测试,,,,林玛,,,,Lumi,,,,PAA,,,,暮 |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
包源 | vsn_3.34.0.tar.gz |
Windows二进制 | vsn_3.34.0.zip(32-和64位) |
Mac OS X 10.6(雪豹) | vsn_3.34.0.tgz |
Mac OS X 10.9(Mavericks) | vsn_3.34.0.tgz |
颠覆源 | (用户名/密码:ReadOnly) |
git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/vsn/tree/release-3.0 |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/vsn/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |