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此包适用于Bioconductor 3.0版本;有关稳定的最新发布版本，请参见nem．

(动态)嵌套效应模型和确定性效应传播网络重建表型层次结构

Bioconductor版本:3.0

包'nem'允许从扰动效应的嵌套结构中重建路径的特征。它将(1.)一组被扰动的通路成分作为输入，(2.)这些扰动的表型读数(例如基因表达、蛋白质表达)。输出是代表表型层次结构的有向图。

作者:Holger Froehlich, Florian Markowetz, Achim Tresch, Theresa Niederberger, Christian Bender, Matthias Maneck, Claudio Lottaz, Tim Beissbarth

维护者:Holger Froehlich

安装

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文档

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browseVignettes (nem)

PDF	R脚本	嵌套效应模型——果蝇免疫反应的一个例子
PDF		参考手册

细节

biocViews	DecisionTree，GraphAndNetwork，微阵列，通路，软件
版本	2.40.0
在Bioconductor	BioC 1.9 (R-2.4)(9.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 2.0)，e1071(> = 1.5),图(> = 1.24),plotrix，limma，集群(> = 1.11),statmod，Hmisc，Rgraphviz
进口	引导，e1071，图，图形，grDevices，方法，RBGL(> = 1.8.1),RColorBrewer，统计，utils，Rgraphviz
链接
建议	Biobase(> = 1.10)
SystemRequirements
增强了	doMC，Rglpk
URL	//www.anjoumacpherson.com
全靠我	lpNet
进口我
建议我	rBiopaxParser
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	nem_2.40.0.tar.gz
Windows二进制	nem_2.40.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	nem_2.40.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	nem_2.40.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/nem/tree/release-3.0
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/nem/
软件包下载报告	下载数据