要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“minfi”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
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此包适用于Bioconductor 3.0版本;有关稳定的最新发布版本,请参见minfi.
Bioconductor版本:3.0
用于分析和可视化Illumina的45万阵列数据的工具
作者:Kasper Daniel Hansen [cre, aut], Martin Ayree [aut], Rafael A. Irizarry [aut], Andrew E. Jaffe [ctb], Jovana Maksimovic [ctb], E. Andres Houseman [ctb], Jean-Philippe Fortin [ctb], Tim Triche [ctb]
维护者:Kasper Daniel Hansen
引文(从R内,输入引用(“minfi”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“minfi”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“minfi”)
R脚本 | Minfi指南 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DNAMethylation,DataImport,微阵列,预处理,质量控制,软件,TwoChannel |
版本 | 1.12.0 |
在Bioconductor | BioC 2.9 (R-2.14)(4.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | 方法,BiocGenerics(> = 0.3.2),Biobase(> = 2.17.8),晶格,GenomicRanges,Biostrings跑龙套,bumphunter(> = 1.1.9) |
进口 | S4Vectors,IRanges,beanplot,RColorBrewer,nor1mix,siggenes,limma,preprocessCore,illuminaio,matrixStats,mclust,genefilter,nlme,重塑,质量,quadprog |
链接 | |
建议 | IlluminaHumanMethylation450kmanifest(> = 0.2.0),IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,minfiData(> = 0.4.1),FlowSorted.Blood.450k(> = 1.0.1),RUnit,消化 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/kasperdanielhansen/minfi |
全靠我 | 冠军,CopyNumber450k,CopyNumber450kData,DMRcate,FlowSorted.Blood.450k,FlowSorted.DLPFC.450k,IlluminaHumanMethylation27kmanifest,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,IlluminaHumanMethylation450kmanifest,methylumi,minfiData,shinyMethyl |
进口我 | MethylAid,methylumi,missMethyl,quantro |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | minfi_1.12.0.tar.gz |
Windows二进制 | minfi_1.12.0.zip |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | minfi_1.12.0.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | minfi_1.12.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/minfi/tree/release-3.0 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/minfi/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |