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这个包是3.0版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅hapFabia。

hapFabia:短段的识别身份的后裔(IBD)特点是罕见变异在大型测序数据

Bioconductor版本:3.0

包来确定短IBD段在FABIA biclustering大型测序数据。两个单是相同的血统(IBD)如果他们共享一个段,从一个共同祖先继承。目前的IBD方法可靠,检测IBD长段,因为许多小段的等位基因之间的整合两个单。然而,许多群组研究只包含无关的个人的分享短IBD段。这个包提供了软件识别短IBD片段测序数据。知识逐步短IBD相关片段的基因分型数据,关联研究,种群遗传学,揭示人类的进化史。包支持VCF格式,基于稀疏矩阵操作,并提供可视化的单体型集群不同的格式。

作者:然而Hochreiter < hochreit在bioinf.jku.at >

维护人员:然而Hochreiter < hochreit在bioinf.jku.at >

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PDF	R脚本	hapFabia:手动R包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,GeneticVariability,遗传学,单核苷酸多态性,SequenceMatching,测序,软件,可视化
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(3.5年)
许可证	LGPL (> = 2.1)
取决于	R (> = 2.12.0),Biobase,fabia。(> = 2.3.1)
进口	统计方法、图形grDevices,跑龙套
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.bioinf.jku.at/software/hapFabia/hapFabia.html
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	hapFabia_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	hapFabia_1.8.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	hapFabia_1.8.0.tgz
Mac OS X 10.9(小牛)	hapFabia_1.8.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/hapfabia/tree/release - 3.0
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/hapFabia/
包下载报告	下载数据