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此包适用于Bioconductor 3.0版本;有关稳定的最新发布版本，请参见gmapR．

在R中提供方便的方法来使用GMAP和GSNAP

Bioconductor版本:3.0

GSNAP和GMAP是Tom Wu编写的一对对齐短读数据的工具。这个包提供了在r中使用GMAP和GSNAP的方便方法。此外，它还提供了使用bam_tally工具在每个核苷酸的基础上计算比对结果的方法。

作者:Cory Barr, Thomas Wu, Michael Lawrence

维护者:Michael Lawrence < Lawrence。Michael在gene.com>上报道

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“gmapR”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“gmapR”)

PDF	R脚本	gmapR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，软件
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.15.0)，方法，GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.17.12)
进口	S4Vectors，IRanges，Rsamtools(> = 1.17.8),rtracklayer(> = 1.25.5),GenomicFeatures(> = 1.17.13),Biostrings，VariantAnnotation(>= 1.11.4)，工具，Biobase，BSgenome，GenomicAlignments(> = 1.1.9),BiocParallel
链接
建议	RUnit，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3，org.Hs.eg.db，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，LungCancerLines
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	HTSeqGenie
进口我	VariantTools
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	gmapR_1.8.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)
Mac OS X 10.9 (Mavericks)
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/gmapR/tree/release-3.0
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gmapR/
软件包下载报告	下载数据