要安装此软件包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// URL(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ exomeOmepeak”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。
该软件包适用于生物导体的3.0版;对于稳定的最新版本,请参阅外表。
生物导体版本:3.0
该软件包的开发用于分析Merip-Seq(MAA-Seq)的基于亲和力的表演组简短测序数据。它是基于Exomepeak Matlab软件包(Meng,Jia等。“基于外显子的分析RNA表观基因组测序数据。” Bioinformatics 29.12(2013)(2013):1565-1567。实验条件以揭示RNA甲基甲基转录后调节的动力学。外峰R包装接受并在统计学上支持多种生物学重复,内部删除PCR伪像和多映射读取,输出基于外显子组的结合位点(RNA甲基化位点)检测到差异后转录后RNA修饰位点之间两个实验条件的条件。百分比而不是绝对数量。该软件包仍在积极发展中,我们欢迎所有生物学和计算科学家进行各种合作和沟通。请随时与Jia Meng博士联系
作者:jia meng
维护者:jia meng
引用(从r内,输入引用(“ Exomepeak”)
):
要安装此软件包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// URL(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ exomeOmepeak”)
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ ExomeOmepeak”)
R脚本 | 外峰介绍 | |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 高通量序列,,,,甲基,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件 |
版本 | 1.6.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.13(R-3.0)(2。5年) |
执照 | GPL-2 |
要看 | rsamtools,,,,GenomicFeatures(> = 1.14.5),rtracklayer |
进口 | |
链接 | |
建议 | |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
包源 | exomepeak_1.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | exomepeak_1.6.0.zip |
Mac OS X 10.6(雪豹) | exomepeak_1.6.0.tgz |
Mac OS X 10.9(Mavericks) | exomepeak_1.6.0.tgz |
颠覆源 | (用户名/密码:ReadOnly) |
git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/exomepeak/tree/release-3.0 |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/exomepeak/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |