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EasyRnaseq
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该软件包适用于生物导体的3.0版；对于稳定的最新版本，请参阅EasyRnaseq。
计数RNA-seq数据的汇总和归一化。
生物导体版本：3.0
计算高通量短阅读对参考基因组的覆盖范围，并根据感兴趣的特征总结其（例如外显子，基因，转录本）。数据可以标准化为“ RPKM”或“ DESEQ”或“ EDGER”软件包。
作者：Nicolas Delhomme，Ismael Padioleau，Bastian Schiffthaler
维护者：nicolas delhomme
引用（从r内，输入引用（“ easyrnaseq”））：
安装
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##尝试http：//如果不支持https：// url不支持源（“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”）bioclite（“ easyrnaseq”）
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ easyrnaseq”）
| R脚本 | EasyRnaseq | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 基因表达，，，，遗传学，，，，预处理，，，，rnaseq，，，，软件 |
| 版本 | 2.2.1 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.10（R-2.15）（4年） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | |
| 进口 | 生物酶（> = 2.26.0），生物基因（> = 0.12.1），Biomart（> = 2.22.0），生物弦（> = 2.34.1），deseq（> = 1.18.0），EDGER（> = 3.8.5），基因组合（> = 1.22.0），基因组签名（> = 1.2.1），GenomeInfodB（> = 1.2.4），基因组机（> = 1.18.4），图形，iranges（> = 2.0.1），LSD（> = 3.0），方法，并行，rsamtools（> = 1.18.2），S4VECTORS（> = 0.4.0），Shortread（> = 1.24.0），UTILS |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用（> = 1.4.1），BSGENOME（> = 1.34.1），bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3（> = 1.4.0），GenomicFeatures（> = 1.18.3），rnaseqtutorial（> = 0.3.1），运行（> = 0.4.28） |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | rnaseqtutorial |
| 进口我 | |
| 建议我 | seqgsea |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 包源 | easyrnaseq_2.2.1.tar.gz |
| Windows二进制 | easyrnaseq_2.2.1.zip |
| Mac OS X 10.6（雪豹） | easyrnaseq_2.2.1.tgz |
| Mac OS X 10.9（Mavericks） | easyrnaseq_2.2.1.tgz |
| 颠覆源 | （用户名/密码：ReadOnly） |
| git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/easyrnaseq/tree/release-3.0 |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/easyrnaseq/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
