安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“deepSNV”)

在大多数情况下,您不需要下载包存档。

deepSNV

这个包是3.0版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅deepSNV

检测subclonal SNVs深度测序数据。

Bioconductor版本:3.0

这个包提供了提供了定量变量调用者在深海探测subclonal突变(> = 100 x报道)测序实验。deepSNV算法用于控制实验的比较设置相同的位点和使用beta-binomial模型和似然比测试区别测序错误和subclonal SNVs。新海鸥算法(β)计算贝叶斯分类器基于β-二项模型变体与多个样本呼吁精确估计模型参数,如当地的错误率和色散和先验知识,如从变异数据基地如宇宙。

作者:莫里茨Gerstung和妮可Beerenwinkel

维护人员:莫里茨Gerstung < mg14在sanger.ac.uk >

从内部引用(R,回车引用(“deepSNV”)):

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“deepSNV”)

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“deepSNV”)

PDF R脚本 R包检测低频变异在深测序实验
PDF R脚本 Subclonal变体调用使用海鸥与多个样本和先验知识
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataImport,GeneticVariability,遗传学,单核苷酸多态性,测序,软件
版本 1.12.0
Bioconductor自 BioC 2.10 (r - 2.15)(4年)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 2.13.0),Rsamtools(> = 3),GenomicRanges,IRanges,Biostrings,VGAM、方法、图形VariantAnnotation(> = 1.5.0)平行
进口 Rsamtools
链接 Rsamtools
建议 RColorBrewer,knitr
SystemRequirements
增强了
URL http://www.cbg.ethz.ch/software/deepSNV
取决于我
进口我
建议我 GenomicFiles
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源 deepSNV_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 deepSNV_1.12.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) deepSNV_1.12.0.tgz
Mac OS X 10.9(小牛) deepSNV_1.12.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/bioconductor - mirror/deepsnv/tree/release - 3.0
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/deepSNV/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

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支持»

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网
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