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变体滤波器

该软件包适用于生物导体的3.0版;对于稳定的最新版本,请参阅变体滤波器

过滤编码和非编码遗传变体

生物导体版本:3.0

使用不同的标准,例如遗传模型,氨基酸变化后果,人群中的最小等位基因频率,剪接部位的强度,保护等,滤波器遗传变异变异。

作者:Dei M. Elurbe,Robert Castelo

维护者:Robert Castelo

引用(从r内,输入引用(“ variantFiltering”)):

安装

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文档

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PDF 变体滤波器:滤波器编码和非编码遗传变体
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 注解,,,,遗传学,,,,高通量序列,,,,homo_sapiens,,,,SNP,,,,测序,,,,软件
版本 1.2.14
在生物导体中 Bioc 2.14(R-3.1)(2年)
执照 艺术2.0
要看 r(> = 3.0.0),方法,生物基因(> = 0.11.3)
进口 DBI,,,,rsqlite(> = 1.0.0),生物酶,,,,S4VECTORS,,,,iranges(> = 1.99.17),AnnotationDbi,,,,生物比较,,,,生物弦(> = 2.33.11),GenomeInfodB(> = 1.2.2),基因组机(> = 1.17.19),GenomicFeatures,,,,rsamtools(> = 1.17.8),BSGENOME,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,变体(> = 1.12.2),闪亮的
链接 S4VECTORS,,,,iranges,,,,xvector,,,,生物弦
建议 生物使用,,,,org.hs.eg.db,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,snplocs.hsapiens.dbsnp.20120608,,,,mafdb.all.wgs.phase1.release.v3.20101123,,,,mafdb.esp6500si.v2.ssa137.dbsnp138,,,,phastcons100way.ucsc.hg19,,,,polyphen.hsapiens.dbsnp131,,,,sift.hsapiens.dbsnp137
系统要求
增强
URL https://github.com/rcastelo/variantfiltering/issues
取决于我 mafdb.all.wgs.phase1.release.v3.20101123,,,,mafdb.all.wgs.phase1.release.v3.20101123,,,,mafdb.esp6500si.v2.ssa137.dbsnp138,,,,mafdb.esp6500si.v2.ssa137.dbsnp138,,,,phastcons100way.ucsc.hg19,,,,phastcons100way.ucsc.hg19
进口我
建议我
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包源 variantFiltering_1.2.14.tar.gz
Windows二进制 variantFiltering_1.2.14.zip(32-和64位)
Mac OS X 10.6(雪豹) variantFiltering_1.2.14.tgz
Mac OS X 10.9(Mavericks) variantFiltering_1.2.14.tgz
颠覆源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/bioconductor-mirror/variantfiltering/tree/release-3.0
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/variantfiltering/
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