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此包适用于Bioconductor的3.0版本;有关稳定的、最新的发布版本，请参见TFBSTools。

转录因子结合位点(TFBS)分析软件包

Bioconductor版本:3.0

TFBSTools是一个用于分析和操纵转录因子结合位点和转录因子谱矩阵的软件包。

作者:葛谭<葛。在imperial.ac.uk tan09 >

维护者:葛谭<葛谭。在imperial.ac.uk tan09 >

安装

要安装这个软件包，请从R开始，然后输入:

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文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“TFBSTools”)

PDF	R脚本	TFBSTools
PDF		参考手册

细节

biocViews	GeneRegulation,MotifAnnotation,MotifDiscovery,软件
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (R-3.0)(2.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.0.1)
进口	Biostrings(> = 2.33.3),RSQLite(> = 0.11.4),seqLogo,GenomicRanges(> = 1.17.7),caTools(> = 1.14),XVector(> = 0.5.8),rtracklayer(> = 1.25.3),BSgenome(> = 1.30.0),S4Vectors(> = 0.2.3),IRanges(> = 1.99.28)、方法gtools(> = 3.0.0),cn(> = 0.99.8),BiocParallel(> = 0.5.6),DirichletMultinomial(> = 1.7.1上),TFMPvalue(> = 0.0.5)
链接
建议	JASPAR2014(> = 0.99.3),RUnit,BiocGenerics,BiocStyle
SystemRequirements	meme
增强了
URL	http://jaspar.genereg.net/
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	TFBSTools_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	TFBSTools_1.4.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6(雪豹)	TFBSTools_1.4.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	TFBSTools_1.4.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/TFBSTools/tree/release-3.0
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TFBSTools/
包下载报告	下载数据