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此包适用于Bioconductor的3.0版本;有关稳定的、最新的发布版本，请参见SplicingGraphs。

创建、操作、可视化拼接图，并将RNA-seq读取分配给它们

Bioconductor版本:3.0

该包允许用户基于给定生物体的基因模型创建、操作和可视化拼接图及其气泡。此外，它允许用户分配RNA-seq读取到一组拼接图的边缘，并以不同的方式总结它们。

作者:D.宾德莱瑟，M.卡尔森，M.摩根，H.佩奇

维护:H. Pages

安装

要安装这个软件包，请从R开始，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“SplicingGraphs”)

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SplicingGraphs”)

PDF	R脚本	拼接图和RNA-seq数据
PDF		参考手册

细节

biocViews	注释,DataRepresentation,GeneExpression,遗传学,RNASeq,测序,软件,可视化
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (R-3.0)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	BiocGenerics,S4Vectors(> = 0.1.0),IRanges(> = 1.99.21),GenomicRanges(> = 1.17.22),GenomicFeatures(> = 1.17.13),GenomicAlignments(> = 1.1.22),Rgraphviz(> = 2.3.7)
进口	方法,跑龙套,igraph,BiocGenerics,IRanges,GenomicRanges,GenomicFeatures,GenomicAlignments,图,Rgraphviz
链接
建议	igraph,Gviz,Rsamtools,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	SplicingGraphs_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	SplicingGraphs_1.6.0.zip
Mac OS X 10.6(雪豹)	SplicingGraphs_1.6.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	SplicingGraphs_1.6.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/SplicingGraphs/tree/release-3.0
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SplicingGraphs/
包下载报告	下载数据