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此包适用于Bioconductor的3.0版本;有关稳定的、最新的发布版本，请参见SomaticSignatures。

体细胞签名

Bioconductor版本:3.0

SomaticSignatures包识别单核苷酸变异(SNVs)的突变签名。

作者:Julian Gehring (EMBL Heidelberg)

维护者:朱利安·格林<朱利安。格林在embl.de >

安装

要安装这个软件包，请从R开始，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“SomaticSignatures”)

文档

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browseVignettes(“SomaticSignatures”)

超文本标记语言	R脚本	SomaticSignatures
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,GenomicVariation,测序,软件,SomaticMutation,StatisticalMethod,可视化
版本	2.2.3
Bioconductor自	BioC 2.14 (R-3.1)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.0.2),VariantAnnotation,GenomicRanges
进口	S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,Biostrings,ggplot2,ggbio,reshape2,NMF,pcaMethods,Biobase、方法、代理
链接
建议	testthat,knitr平行,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,SomaticCancerAlterations,COSMIC.67,ggdendro,fastICA
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/release/bioc/html/SomaticSignatures.htmlhttps://github.com/julian-gehring/SomaticSignatures
取决于我
进口我	Rariant
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	SomaticSignatures_2.2.3.tar.gz
Windows二进制	SomaticSignatures_2.2.3.zip
Mac OS X 10.6(雪豹)	SomaticSignatures_2.2.3.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	SomaticSignatures_2.2.3.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/SomaticSignatures/tree/release-3.0
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SomaticSignatures/
包下载报告	下载数据