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这个包是3.0版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SomatiCA。

SomatiCA:识别、描述和量化体细胞拷贝数从癌症基因组测序畸变

Bioconductor版本:3.0

SomatiCA是一种软件套件,它能够识别、描述和量化体细胞CNAs癌症基因组测序。首先,它使用阅读深度和较小的等位基因频率(LAF)映射短序列读取片段基因组和识别候选区域。第二,SomatiCA估计的掺合料率相对人类基因组的tumor-normal对贝叶斯有限混合模型。第三,SomatiCA量化绝对体细胞人类基因组,并为每个基因组片段subclonality指导其特征。结果SomatiCA可以进一步结合单核苷酸变异(SNVs)更好地理解肿瘤的进化。

作者:陈Mengjie < Mengjie。陈在yale.edu >,Hongyu Zhao

维护人员:陈Mengjie < Mengjie。陈在yale.edu >

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PDF	R脚本	SomatiCA装饰图案
PDF		SomatiCAUserGuide.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,测序,软件
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(3年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 2.14.0),拉尔斯,DNAcopy,foreach、方法、rebmix,GenomicRanges,IRanges,doParallel
进口	foreach,拉尔斯,sn,DNAcopy、方法、rebmix,GenomicRanges,IRanges
链接
建议
SystemRequirements
增强了	sn,SomatiCAData
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	SomatiCA_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	SomatiCA_1.10.0.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	SomatiCA_1.10.0.tgz
Mac OS X 10.9(小牛)	SomatiCA_1.10.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/somatica/tree/release - 3.0
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SomatiCA/
包下载报告	下载数据