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这个包是3.0版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SCAN.UPC。

单通道阵列正常化(扫描)和通用表达式代码(UPC)

Bioconductor版本:3.0

扫描微阵列归一化法促进个性化医疗工作流程。而不是处理芯片样品组,可以引入偏见和现在的后勤挑战,单独扫描可实现每个样本建模和去除探针和array-specific背景噪音只使用数据在每个数组。扫描可以应用到一个频道(例如,Affymetrix)或双通道(例如,安捷伦)微阵列。通用表达式代码(UPC)方法是扫描估计的扩展是否一个给定的基因/转录活性高于背景水平在一个给定的样本。UPC方法可以应用于一个频道或双通道微阵列以及RNA-Seq读计数。因为UPC值表示在相同规模和为每个平台有一个相同的解释,它们可以用于跨平台的数据集成。

作者:斯蒂芬·r·短笛和安德里亚·h·《图片报》和w·埃文约翰逊

维护人员:Stephen r .短笛< stephen_piccolo byu.edu >

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PDF	R脚本	底漆
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	微阵列,OneChannel,预处理,RNASeq,软件,TwoChannel
版本	2.8.1发布
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(3.5年)
许可证	麻省理工学院
取决于	R (> = 2.14.0),Biobase(> = 2.6.0),益生元,Biostrings,GEOquery,affy,affyio,foreach,股东价值分析
进口	跑龙套、方法质量、工具、IRanges
链接
建议	pd.hg.u95a
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.comhttp://jlab.bu.edu/software/scan-upc
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建议我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	SCAN.UPC_2.8.1.tar.gz
Windows二进制	SCAN.UPC_2.8.1.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	SCAN.UPC_2.8.1.tgz
Mac OS X 10.9(小牛)	SCAN.UPC_2.8.1.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/scan.upc/tree/release - 3.0
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SCAN.UPC/
包下载报告	下载数据