要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// urls(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ rsamtools”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。

rsamtools

该软件包适用于生物导体的3.0版;对于稳定的最新版本,请参阅rsamtools

二进制对齐(BAM),FASTA,变体调用(BCF)和Tabix文件导入

生物导体版本:3.0

此软件包为操纵SAM(序列对齐 /地图),FastA,二进制变体呼叫(BCF)和压缩索引TAB-DEBELIMIMETID的“ Samtools”,“ BCFTools”和“ Tabix”实用程序(请参阅“许可”)的接口提供了一个接口(请参阅“许可”)(tabix)文件。

作者:马丁·摩根(Martin Morgan),赫尔夫(Herv)

维护者:bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>

引用(从r内,输入引用(“ rsamtools”)):

安装

要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// urls(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ rsamtools”)

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ RSAMTOOLS”)

PDF R脚本 RSAMTOOLS介绍
PDF R脚本 使用samtools c库
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照
视频 在rsamtools中堆积

细节

生物浏览 结盟,,,,覆盖范围,,,,DataImport,,,,QualityControl,,,,测序,,,,软件
版本 1.18.3
在生物导体中 Bioc 2.6(R-2.11)(6年)
执照 Artistic-2.0 |文件许可证
要看 方法,S4VECTORS(> = 0.1.0),iranges(> = 1.99.17),GenomeInfodB(> = 1.1.3),基因组机(> = 1.17.19),xvector(> = 0.5.3),生物弦(> = 2.33.11)
进口 utils,生物基因(> = 0.1.3),Zlibbioc,,,,比特
链接 S4VECTORS,,,,iranges,,,,xvector,,,,生物弦
建议 基因组签名,,,,Shortread(> = 1.19.10),GenomicFeatures,,,,txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene,,,,kegg.db,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg18.nown,,,,rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,pasillabamsubset,,,,运行,,,,生物使用
系统要求
增强
URL //www.anjoumacpherson.com/packages/release/bioc/html/rsamtools.html
取决于我 arrayexpresshts,,,,bitseq,,,,嵌合体,,,,CoverageView,,,,Deepsnv,,,,外观复制,,,,外表,,,,基因组签名,,,,Genomicfiles,,,,ggtut,,,,girafe,,,,Leebamviews,,,,甲基管,,,,MMDIFF,,,,Onechannelgui,,,,QRQC,,,,R3CSEQ,,,,rcade,,,,Reqon,,,,rfpred,,,,Ripseeker,,,,RNASEQMAP,,,,Shortread,,,,SSVIZ,,,,Systempiper,,,,TBX20BAMSUBSET,,,,teqc,,,,Titancna,,,,变体,,,,Wavcluster
进口我 等位基因平衡,,,,Annmap,,,,arrayexpresshts,,,,Biovizbase,,,,BSGENOME,,,,卡格,,,,卡斯珀,,,,cexor,,,,chipqc,,,,CN. -ops,,,,CNVRD2,,,,Compepitools,,,,CSAW,,,,CustomProdb,,,,Deepsnv,,,,德芬德,,,,dexseq,,,,dnaser,,,,doqtl,,,,EasyRnaseq,,,,EDASEQ,,,,Epgenomix,,,,Fourcseq,,,,funcisnp,,,,基因组签名,,,,基因组间,,,,GGBIO,,,,ggtools,,,,GMAPR,,,,GVIZ,,,,Gwascat,,,,H5VC,,,,htseqgenie,,,,肺部,,,,mafdb.all.wgs.phase1.release.v3.20101123,,,,mafdb.all.wgs.phase1.release.v3.20101123,,,,Medips,,,,图片,,,,QDNASEQ,,,,,,,,R453plus1toolbox,,,,稀有,,,,repitools,,,,rtracklayer,,,,sgseq,,,,TrackTables,,,,TrackViewer,,,,transview,,,,变体滤波器,,,,变体工具
建议我 AnnotationHub,,,,BASESPACER,,,,生物比较,,,,Biomvrcns,,,,差异,,,,量规,,,,GenomeInfodB,,,,GenomicFeatures,,,,基因组机,,,,Ind1kg,,,,metaseqr,,,,甲状旁腺,,,,,,,,rnaseqtutorial,,,,seqbias,,,,sigfuge,,,,剪接图,,,,流媒体
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

包源 rsamtools_1.18.3.tar.gz
Windows二进制 rsamtools_1.18.3.3.zip(32-和64位)
Mac OS X 10.6(雪豹) rsamtools_1.18.3.tgz
Mac OS X 10.9(Mavericks) rsamtools_1.18.3.tgz
颠覆源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/bioconductor-mirror/rsamtools/tree/release-3.0
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/rsamtools/
软件包下载报告 下载统计

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