要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“Rcade”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

Rcade

此包适用于Bioconductor 3.0版本;有关稳定的最新发布版本,请参见Rcade

基于r的ChIP-seq和差分表达式分析-一个集成基于计数的ChIP-seq分析与差分表达式汇总数据的工具。

Bioconductor版本:3.0

Rcade(代表“基于r的ChIP-seq和差分表达式分析”)是一个通过贝叶斯框架集成ChIP-seq数据与差分表达式汇总数据的工具。一个关键的应用是识别感兴趣的转录因子靶向的基因——也就是说,我们收集与ChIP-seq峰值相关的基因,以及在与该TF相关的一些扰动下的差异表达。

作者:乔纳森·凯恩斯

维护者:Jonathan Cairns

引文(从R内,输入引用(“Rcade”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“Rcade”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“Rcade”)

PDF R脚本 Rcade装饰图案
PDF 参考手册
文本 自述
文本 新闻

细节

biocViews ChIPSeqDifferentialExpressionGeneExpression遗传学测序软件转录
版本 1.8.0
在Bioconductor BioC 2.11 (R-2.15)(3.5年)
许可证 GPL-2
取决于 R(>= 2.14.0),方法,GenomicRangesbaySeqRsamtools
进口 图形,S4Vectorsrglplotrix
链接
建议 limmabiomaRtRUnitBiocGenericsBiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 Rcade_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 Rcade_1.8.0.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) Rcade_1.8.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks) Rcade_1.8.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/Rcade/tree/release-3.0
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/Rcade/
软件包下载报告 下载数据

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Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网
弗雷德哈钦森癌症研究中心