要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“Rariant”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
此包适用于Bioconductor 3.0版本;有关稳定的最新发布版本,请参见Rariant.
Bioconductor版本:3.0
“Rariant”包根据匹配样本之间二项分布不匹配率的差异从测序数据中识别单核苷酸变体。
作者:朱利安·格林,西蒙·安德斯,贝恩德·克劳斯(海德堡EMBL)
维护者:Julian Gehring < Julian。Gehring at embl.de>
引文(从R内,输入引用(“Rariant”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“Rariant”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“Rariant”)
超文本标记语言 | R脚本 | Rariant |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | GenomicVariation,测序,软件,SomaticMutation,StatisticalMethod,VariantDetection,可视化 |
版本 | 1.2.0 |
在Bioconductor | BioC 2.14 (R-3.1)(2年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 3.0.2),GenomicRanges,VariantAnnotation |
进口 | IRanges,ggbio,ggplot2,exomeCopy,SomaticSignatures,Rsamtools,闪亮的、方法、VGAM,dplyr,reshape2,GenomeInfoDb,S4Vectors |
链接 | |
建议 | h5vcData,testthat,knitr,optparse,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | Rariant_1.2.0.tar.gz |
Windows二进制 | Rariant_1.2.0.zip |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | Rariant_1.2.0.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | Rariant_1.2.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/Rariant/tree/release-3.0 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/Rariant/ |
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