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此包适用于Bioconductor 3.0版本;有关稳定的最新发布版本,请参见MineICA.
Bioconductor版本:3.0
MineICA的目标是对多个转录组数据集进行独立成分分析(ICA),整合其他数据(如分子数据、临床数据和病理数据)。这种综合ICA通过研究它们与变量(例如样本注释)和基因集的关联来帮助对成分进行生物学解释,并能够使用基于相关性的图来比较来自不同数据集的成分。
作者:安妮·比顿
维护者:Anne Biton < Anne。Biton在gmail.com>
引文(从R内,输入引用(“MineICA”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“MineICA”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“MineICA”)
R脚本 | 基因组数据的独立成分分析 | |
参考手册 |
biocViews | MultipleComparison,软件,可视化 |
版本 | 1.6.0 |
在Bioconductor | BioC 2.12 (R-3.0)(3年) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | R (>= 2.10),Biobase,plyr,ggplot2,尺度,foreach,xtable,biomaRt,gtools,GOstats,集群,marray,mclust,RColorBrewer,色彩,igraph,Rgraphviz,图,注释,Hmisc,fastICA,玉、方法 |
进口 | AnnotationDbi,光民,fpc,lumiHumanAll.db |
链接 | |
建议 | biomaRt,GOstats,集群,hgu133a.db,mclust,igraph,breastCancerMAINZ,breastCancerTRANSBIG,breastCancerUPP,breastCancerVDX |
SystemRequirements | |
增强了 | doMC |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | MineICA_1.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | MineICA_1.6.0.zip |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | MineICA_1.6.0.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | MineICA_1.6.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/MineICA/tree/release-3.0 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/MineICA/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |