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MineICA

此包适用于Bioconductor 3.0版本;有关稳定的最新发布版本,请参见MineICA

对基因组学数据进行ICA分解分析

Bioconductor版本:3.0

MineICA的目标是对多个转录组数据集进行独立成分分析(ICA),整合其他数据(如分子数据、临床数据和病理数据)。这种综合ICA通过研究它们与变量(例如样本注释)和基因集的关联来帮助对成分进行生物学解释,并能够使用基于相关性的图来比较来自不同数据集的成分。

作者:安妮·比顿

维护者:Anne Biton < Anne。Biton在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“MineICA”)):

安装

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文档

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browseVignettes(“MineICA”)

PDF R脚本 基因组数据的独立成分分析
PDF 参考手册

细节

biocViews MultipleComparison软件可视化
版本 1.6.0
在Bioconductor BioC 2.12 (R-3.0)(3年)
许可证 GPL-2
取决于 R (>= 2.10),Biobaseplyrggplot2尺度foreachxtablebiomaRtgtoolsGOstats集群marraymclustRColorBrewer色彩igraphRgraphviz注释HmiscfastICA、方法
进口 AnnotationDbi光民fpclumiHumanAll.db
链接
建议 biomaRtGOstats集群hgu133a.dbmclustigraphbreastCancerMAINZbreastCancerTRANSBIGbreastCancerUPPbreastCancerVDX
SystemRequirements
增强了 doMC
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包档案

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包的来源 MineICA_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 MineICA_1.6.0.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) MineICA_1.6.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks) MineICA_1.6.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/MineICA/tree/release-3.0
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MineICA/
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