要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“MSnID”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
此包适用于Bioconductor 3.0版本;有关稳定的最新发布版本,请参见MSnID.
Bioconductor版本:3.0
从mzIdentML(利用mzID包)或文本文件中提取MS/MS ID数据。在整理来自多个数据集的搜索结果后,它评估它们的识别质量并优化过滤条件,以实现识别的最大数量,同时不超过指定的错误发现率。还包含了一些实用工具来探索MS/MS结果,并评估错过和不规则的酶切割,质量测量精度等。
作者:Vlad Petyuk,由Laurent Gatto贡献
维护者:Vlad Petyuk < Petyuk at gmail.com>
引文(从R内,输入引用(“MSnID”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“MSnID”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“MSnID”)
R脚本 | 用于处理MS/MS标识的MSnID包 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | MassSpectrometry,蛋白质组学,软件 |
版本 | 1.0.1 |
在Bioconductor | BioC 3.0 (R-3.1)(1.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 2.10),Rcpp |
进口 | MSnbase(> = 1.12.1),mzID(> = 1.3.5),R.cache,foreach,doParallel平行,reshape2、方法、迭代器,data.table,Biobase,mzR |
链接 | |
建议 | BiocStyle,msmsTests,ggplot2,RUnit,BiocGenerics |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | RforProteomics |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | MSnID_1.0.1.tar.gz |
Windows二进制 | MSnID_1.0.1.zip |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | MSnID_1.0.1.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | MSnID_1.0.1.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/MSnID/tree/release-3.0 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/MSnID/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |