要安装此软件包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ gviz”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。
该软件包适用于生物导体的3.0版;对于稳定的最新版本,请参阅GVIZ。
生物导体版本:3.0
基因组数据分析需要对已知基因组信息和新实验数据的整合可视化。GVIZ使用BiomArt和rtracklayer软件包来执行实时注释查询以ement和UCSC,并将其转换为例如。网格图形包的视口中的基因/转录结构。这导致基因组信息与您的数据一起绘制。
作者:Florian Hahne,Steffen Durinck,Robert Ivanek,Arne Mueller,Steve Lianoglou,ge Tan 维护者:florian hahne 引用(从r内,输入 要安装此软件包,请启动R并输入: 要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入: 跟随bob 体育网址
在R会话中使用此软件包的说明。引用(“ Gviz”)
):安装
##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ gviz”)
文档
Browsevignettes(“ Gviz”)
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R脚本
GVIZ用户指南
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参考手册
文本
消息
细节
生物浏览
微阵列,,,,软件,,,,可视化
版本
1.10.11
在生物导体中
Bioc 2.10(R-2.15)(4年)
执照
艺术2.0
要看
R(> = 2.10.0),方法,网格,生物基因(> = 0.11.3),S4VECTORS(> = 0.1.0),iranges(> = 1.99.18),GenomeInfodB(> = 1.1.3),基因组机(> = 1.17.20)
进口
xvector(> = 0.5.7),rtracklayer(> = 1.25.13),格子,,,,rcolorbrewer,,,,Biomart(> = 2.11.0),AnnotationDbi(> = 1.27.5),生物酶(> = 2.15.3),GenomicFeatures(> = 1.17.22),BSGENOME(> = 1.33.1),生物弦(> = 2.33.11),Biovizbase(> = 1.13.8),rsamtools(> = 1.17.28),LatticeExtra(> = 0.6-26),矩阵(> = 0.8.14),基因组签名(> = 1.1.16)
链接
建议
Xtable,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,生物使用
系统要求
增强
URL
取决于我
Biomvrcns,,,,腹带,,,,dmrforpairs,,,,PBase,,,,PVIZ
进口我
等位基因平衡,,,,ggtools,,,,甲基分析,,,,甲基管,,,,ping,,,,TrackViewer
建议我
Annmap,,,,CNER,,,,Gwascat,,,,InteractiveSplay,,,,准,,,,剪接图,,,,斯坦
构建报告
包装档案
包源
gviz_1.10.11.tar.gz
Windows二进制
gviz_1.10.11.zip
Mac OS X 10.6(雪豹)
gviz_1.10.11.tgz
Mac OS X 10.9(Mavericks)
gviz_1.10.11.tgz
颠覆源
(用户名/密码:ReadOnly)
git源
https://github.com/bioconductor-mirror/gviz/tree/release-3.0
包装短URL
//www.anjoumacpherson.com/packages/gviz/
软件包下载报告
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