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该软件包适用于生物导体的3.0版；对于稳定的最新版本，请参阅GenomicFeatures。

制作和操纵以转录为中心注释的工具

生物导体版本：3.0

一组以以转录为中心注释的工具和方法。使用这些工具，用户可以轻松地下载从UCSC基因组浏览器或BiomArt数据库中的成绩单，外显子和CD的基因组位置（将来会支持更多来源）。然后将该信息存储在本地数据库中，该数据库跟踪转录本，外显子，CD和基因之间的关系。提供了以方便格式提取所需功能的灵活方法。

作者：M。Carlson，H。Pages，P。Aboyoun，S。Falcon，M。Morgan，D。Sarkar，M。Lawrence

维护者：bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>

安装

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文档

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Browsevignettes（“基因组曲折”）

PDF	R脚本	制作和利用TXDB对象
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，遗传学，，，，基因数，，，，基础设施，，，，测序，，，，软件
版本	1.18.7
在生物导体中	Bioc 2.5（R-2.10）（6。5年）
执照	艺术2.0
要看	生物基因（> = 0.1.0），S4VECTORS（> = 0.1.5），iranges（> = 1.99.1），GenomeInfodB（> = 1.1.3），基因组机（> = 1.17.12），AnnotationDbi（> = 1.27.9）
进口	方法，DBI（> = 0.2-5），rsqlite（> = 0.8-1），生物弦（> = 2.23.3），rtracklayer（> = 1.26.3），Biomart（> = 2.17.1），rcurl，utils，生物酶（> = 2.15.1）
链接
建议	org.mm.eg.db，，，，BSGENOME，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19（> = 1.3.17），bsgenome.celegans.ucsc.ce2，，，，bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3（> = 1.3.17），mirbase.db，，，，fdb.ucsc.trnas，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene（> = 2.7.1），rsamtools，，，，pasillabamsubset（> = 0.0.5），运行，，，，生物使用，，，，尼特
系统要求
增强
URL
取决于我	外表，，，，fdb.fantom4.promoters.hg19，，，，FDB.Infinium -Methylation.hg18，，，，FDB.Infinium -Methylation.hg19，，，，fdb.ucsc.snp135common.hg19，，，，fdb.ucsc.snp137common.hg19，，，，fdb.ucsc.trnas，，，，ggtut，，，，同性恋，，，，mus.musculus，，，，mygene，，，，有机体，，，，rattus.norvegicus，，，，剪接图，，，，txdb.Athaliana.biomart.plantsmart22，，，，txdb.celegans.ucsc.ce6.ensgene，，，，txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene，，，，txdb.hsapiens.biomart.igis，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg18.nown，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19.lincrnastranscripts，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm10.ensgene，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm9，，，，txdb.rnorvegicus.biomart.igis，，，，txdb.rnorvegicus.ucsc.rn4.ensgene，，，，txdb.rnorvegicus.ucsc.rn5.refgene，，，，txdb.scerevisiae.ucsc.saccer2.sgdgene，，，，txdb.scerevisiae.ucsc.saccer3.sgdgene
进口我	等位基因平衡，，，，Biovizbase，，，，卡斯珀，，，，Chippeakanno，，，，Chipseeker，，，，Compepitools，，，，compgo，，，，CSAW，，，，CustomProdb，，，，德芬德，，，，derfinderplot，，，，epivizr，，，，fdb.fantom4.promoters.hg19，，，，FDB.Infinium -Methylation.hg18，，，，FDB.Infinium -Methylation.hg19，，，，fdb.ucsc.snp135common.hg19，，，，fdb.ucsc.snp137common.hg19，，，，fdb.ucsc.trnas，，，，Genelendatabase，，，，GGBIO，，，，GMAPR，，，，GVIZ，，，，同性恋，，，，htseqgenie，，，，Lumi，，，，Medips，，，，甲基分析，，，，mus.musculus，，，，probamr，，，，qpgraph，，，，准，，，，rattus.norvegicus，，，，sgseq，，，，剪接图，，，，TrackViewer，，，，txdb.Athaliana.biomart.plantsmart22，，，，txdb.celegans.ucsc.ce6.ensgene，，，，txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene，，，，txdb.hsapiens.biomart.igis，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg18.nown，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19.lincrnastranscripts，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm10.ensgene，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm9，，，，txdb.rnorvegicus.biomart.igis，，，，txdb.rnorvegicus.ucsc.rn4.ensgene，，，，txdb.rnorvegicus.ucsc.rn5.refgene，，，，txdb.scerevisiae.ucsc.saccer2.sgdgene，，，，txdb.scerevisiae.ucsc.saccer3.sgdgene，，，，变体，，，，变体滤波器，，，，变体工具，，，，Wavcluster
建议我	Biomvrcns，，，，生物弦，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau3，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau4，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau6，，，，bsgenome.celegans.ucsc.ce10，，，，bsgenome.celegans.ucsc.ce2，，，，bsgenome.cfamiliaris.ucsc.canfam2，，，，bsgenome.cfamiliaris.ucsc.canfam3，，，，bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm2，，，，BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER5，，，，BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER6，，，，BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER7，，，，bsgenome.gaculeatus.ucsc.gasacu1，，，，bsgenome.ggallus.ucsc.galgal3，，，，bsgenome.ggallus.ucsc.galgal4，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg17，，，，BSGENOME.MMULATTA.UCSC.RHEMAC2，，，，BSGENOME.MMULATTA.UCSC.RHEMAC3，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm8，，，，bsgenome.ptroglodytes.ucsc.pantro2，，，，bsgenome.ptroglodytes.ucsc.pantro3，，，，chipseq，，，，腹带，，，，dexseq，，，，EasyRnaseq，，，，GenomeInfodB，，，，基因组签名，，，，基因组机，，，，ggtut，，，，grohmm，，，，Ind1kg，，，，幻影，，，，甲状旁腺，，，，Ripseeker，，，，rsamtools，，，，Shortread，，，，Systempiper
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

包源	GenomicFeatures_1.18.7.ta​​r.gz
Windows二进制	GenomicFeatures_1.18.7.zip
Mac OS X 10.6（雪豹）	GenomicFeatures_1.18.7.tgz
Mac OS X 10.9（Mavericks）	GenomicFeatures_1.18.7.tgz
颠覆源	（用户名/密码：ReadOnly）
git源	https://github.com/bioconductor-mirror/genomicfeatures/tree/release-3.0
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/genomicfeatures/
软件包下载报告	下载统计