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这个包是3.0版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GenomicAlignments。

表示和操纵短基因组比对

Bioconductor版本:3.0

提供有效的容器来存储和操纵短基因组比对(通常是通过调整短期读取参考基因组)。这包括读计数,计算覆盖率,结检测和处理核苷酸比对的内容。

作者:Herv \ ' e Pag \ ' es,瓦莱丽•Obenchain马丁摩根

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

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文档

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browseVignettes (“GenomicAlignments”)

PDF	R脚本	计数与summarizeOverlaps读取
PDF	R脚本	重叠编码
PDF	R脚本	使用一致的核苷酸
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		阅读从BAM文件——第1部分
视频		阅读从BAM文件——第2部分

细节

biocViews	对齐,报道,DataImport,遗传学,基础设施,RNASeq,单核苷酸多态性,测序,软件
版本	1.2.2
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 2.10),方法,BiocGenerics(> = 0.11.3),S4Vectors(> = 0.2.2),IRanges(> = 1.99.27),GenomeInfoDb(> = 1.1.20),GenomicRanges(> = 1.17.42),Biostrings(> = 2.33.14),Rsamtools(> = 1.18.3)
进口	方法、统计数据BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,Biostrings,Rsamtools,BiocParallel
链接	S4Vectors,IRanges
建议	rtracklayer,BSgenome,GenomicFeatures,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,pasillaBamSubset,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,DESeq,刨边机,RUnit,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	AllelicImbalance,嵌合体,DiffBind,groHMM,hiReadsProcessor,metagene,prebs,RIPSeeker,rnaSeqMap,ShortRead,SplicingGraphs
进口我	biovizBase,ChIPQC,cn,CoverageView,csaw,customProDB,derfinder,easyRNASeq,FourCSeq,GenomicFiles,ggbio,gmapR,Gviz,HTSeqGenie,leeBamViews,methylPipe,图片,QuasR,Repitools,咆哮,rtracklayer,SGSeq,SplicingGraphs,trackViewer
建议我	BiocParallel,计,GenomeInfoDb,GenomicRanges,parathyroidSE,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,RnaSeqTutorial,Rsamtools,拖缆
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	GenomicAlignments_1.2.2.tar.gz
Windows二进制	GenomicAlignments_1.2.2.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	GenomicAlignments_1.2.2.tgz
Mac OS X 10.9(小牛)	GenomicAlignments_1.2.2.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/genomicalignments/tree/release - 3.0
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicAlignments/
包下载报告	下载数据