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此包适用于Bioconductor的3.0版本;有关稳定的、最新的发布版本，请参见GenomeInfoDb。

用于操作染色体和其他'seqname'标识符的实用程序

Bioconductor版本:3.0

包含定义并允许在不同染色体序列命名约定(例如，“chr1”与“1”)之间进行转换的数据和函数，包括试图将序列名按其自然顺序(而不是按字典顺序)排列的函数。

作者:Sonali Arora, Martin Morgan, Marc Carlson, H. Pages

Maintainer: Bioconductor Package Maintainer < Maintainer at Bioconductor。org>

安装

要安装这个软件包，请从R开始，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“GenomeInfoDb”)

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GenomeInfoDb”)

PDF	R脚本	GenomeInfoDb: GenomeInfoDb简介
PDF		GenomeInfoDb:提交你的生物体到GenomeInfoDb
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		简单的任务genomeInfoDb

细节

biocViews	注释,DataRepresentation,遗传学,GenomeAnnotation,软件
版本	1.2.5
Bioconductor自	BioC 2.14 (R-3.1)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.1)， methods, stat4，BiocGenerics,S4Vectors(> = 0.2.0),IRanges(> = 1.99.26)
进口	方法,BiocGenerics,S4Vectors
链接
建议	GenomicRanges,Rsamtools,GenomicAlignments,BSgenome,GenomicFeatures,BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer2,BSgenome.Celegans.UCSC.ce2,BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,RUnit,BiocStyle,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	AnnotationDbi,BSgenome,bumphunter,CSAR,GenomicAlignments,GenomicFeatures,GenomicRanges,GenomicTuples,gmapR,Gviz,htSeqTools,IdeoViz,methyAnalysis,Rsamtools,TitanCNA,VariantAnnotation
进口我	AllelicImbalance,舞会礼服,biovizBase,BSgenome,卡斯珀,CexoR,ChIPseeker,cn,compEpiTools,csaw,derfinder,derfinderPlot,dna,easyRNASeq,epivizr,exomeCopy,genoset,ggbio,GGtools,gwascat,h5vc,methylPipe,methylumi,MinimumDistance,NarrowPeaks,qpgraph,Rariant,regionReport,Repitools,rtracklayer,seqplots,SGSeq,ShortRead,SNPchip,SomaticSignatures,VanillaICE,VariantFiltering,VariantTools
建议我	QDNAseq
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	GenomeInfoDb_1.2.5.tar.gz
Windows二进制	GenomeInfoDb_1.2.5.zip
Mac OS X 10.6(雪豹)	GenomeInfoDb_1.2.5.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	GenomeInfoDb_1.2.5.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/GenomeInfoDb/tree/release-3.0
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomeInfoDb/
包下载报告	下载数据