要安装此包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// urls源(“https://biocondudard.org/bioclite.r”)bioclite(“fourcseq”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

Fourcseq.

此套餐适用于Biocumonds 3.0版;对于稳定的最新版本版本,请参阅Fourcseq.

包分析4C测序数据

Biocometiond版本:3.0

Fourcseq是一个专用于分析(多路复用)4C测序数据的R包。该包装提供了一种管道,以检测DNA元件之间的特异性相互作用,并识别条件之间的差异相互作用。R中的统计分析从每个样品的单个BAM文件开始为输入。要获取这些文件,程序包包含一个python脚本(extdata / python / demultipled.py)到解复用库和修剪infer序列。使用标准对齐软件,然后可以生成所需的BAM文件。

作者:Felix A. Klein,Embl Heidelberg

维护者:Felix A. Klein

引文(从R内,输入引文(“Fourcseq”)):

安装

要安装此包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// urls源(“https://biocondudard.org/bioclite.r”)bioclite(“fourcseq”)

文件

要查看系统中安装此包版本的文档,请启动r并输入:

Browsevignettes(“Fourcseq”)

PDF. r script. Fourcseq.
PDF. 参考手册

细节

Biocviews. 预处理测序软件
版本 1.0.0.
在生物导体中以来 BIOC 3.0(R-3.1)(1.5年)
执照 GPL(> = 3)
依靠 r(> = 3.0),Genomicranges.ggplot2.deseq2.,样条键,方法
进口 deseq2.BioBase.生物仪器Genomicranges.RSAMTOOLS.GGBIO.重塑2.rtracklayer.FDA.基因管理GTOOLS.矩阵
链接到
建议 生物焦kntxdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene.ensgene.
系统要求
加强
URL.
取决于我
进口我
建议我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

包来源 fourcseq_1.0.0.tar.gz.
Windows二进制文件 fourcseq_1.0.0.zip.
Mac OS x 10.6(雪豹) fourcseq_1.0.0.tgz.
Mac OS x 10.9(mavericks) fourcseq_1.0.0.tgz.
subversion源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/biocondion-mirror/fourcseq/tree/release-3.0
包短网址 http://biocidodder.org/packages/fourcseq/
包裹下载报告 下载统计信息

文件»

生物体

R./cr包裹和文件

支持»

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  • 正常词 邮件列表 - 适用于包开发人员bob电竞体育官网
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