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此套餐适用于Biocumonds 3.0版;对于稳定的最新版本版本，请参阅Fourcseq.。

包分析4C测序数据

Biocometiond版本：3.0

Fourcseq是一个专用于分析（多路复用）4C测序数据的R包。该包装提供了一种管道，以检测DNA元件之间的特异性相互作用，并识别条件之间的差异相互作用。R中的统计分析从每个样品的单个BAM文件开始为输入。要获取这些文件，程序包包含一个python脚本（extdata / python / demultipled.py）到解复用库和修剪infer序列。使用标准对齐软件，然后可以生成所需的BAM文件。

作者：Felix A. Klein，Embl Heidelberg

维护者：Felix A. Klein

安装

要安装此包，请启动R并输入：

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文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

Browsevignettes（“Fourcseq”）

PDF.	r script.	Fourcseq.
PDF.		参考手册

细节

Biocviews.	预处理那测序那软件
版本	1.0.0.
在生物导体中以来	BIOC 3.0（R-3.1）（1.5年）
执照	GPL（> = 3）
依靠	r（> = 3.0），Genomicranges.那ggplot2.那deseq2.，样条键，方法
进口	deseq2.那BioBase.那生物仪器那Genomicranges.那RSAMTOOLS.那GGBIO.那重塑2.那rtracklayer.那FDA.那基因管理那GTOOLS.那矩阵
链接到
建议	生物焦那kn那txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene.ensgene.
系统要求
加强
URL.
取决于我
进口我
建议我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

包来源	fourcseq_1.0.0.tar.gz.
Windows二进制文件	fourcseq_1.0.0.zip.
Mac OS x 10.6（雪豹）	fourcseq_1.0.0.tgz.
Mac OS x 10.9（mavericks）	fourcseq_1.0.0.tgz.
subversion源	（用户名/密码：ReadOnly）
git源	https://github.com/biocondion-mirror/fourcseq/tree/release-3.0
包短网址	http://biocidodder.org/packages/fourcseq/
包裹下载报告	下载统计信息