要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“DOSE”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

剂量

此包适用于Bioconductor 3.0版本;有关稳定的最新发布版本,请参见剂量

疾病本体语义与丰富分析

Bioconductor版本:3.0

该包实现了Resnik, Schlicker, Jiang, Lin和Wang分别提出的五种方法,用于测量DO术语和基因产物之间的语义相似性。富集分析包括超几何模型和基因集富集分析,用于发现高通量生物学数据的疾病关联。

作者:余光创,王立根

维护人员:guangchuangyu

引文(从R内,输入引用(“剂量”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“DOSE”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“剂量”)

PDF R脚本 一个R包,用于疾病本体语义和丰富
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释GeneSetEnrichmentMultipleComparison软件可视化
版本 测试盒框
在Bioconductor BioC 2.9 (R-2.14)(4.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.0.0)
进口 方法,plyrqvaluestats4,AnnotationDbiDO.dbigraph尺度reshape2、图形、GOSemSim、网格ggplot2
链接
建议 org.Hs.eg.dbclusterProfilerReactomePAChIPseekerknitr
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/GuangchuangYu/DOSE
全靠我
进口我 clusterProfilerfacopyReactomePA
建议我 ChIPseekerGOSemSim
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 DOSE_2.4.0.tar.gz
Windows二进制 DOSE_2.4.0.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) DOSE_2.4.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks) DOSE_2.4.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/DOSE/tree/release-3.0
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/DOSE/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

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支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网
弗雷德哈钦森癌症研究中心