要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“DOSE”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
此包适用于Bioconductor 3.0版本;有关稳定的最新发布版本,请参见剂量.
Bioconductor版本:3.0
该包实现了Resnik, Schlicker, Jiang, Lin和Wang分别提出的五种方法,用于测量DO术语和基因产物之间的语义相似性。富集分析包括超几何模型和基因集富集分析,用于发现高通量生物学数据的疾病关联。
作者:余光创,王立根
维护人员:guangchuangyu
引文(从R内,输入引用(“剂量”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“DOSE”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“剂量”)
R脚本 | 一个R包,用于疾病本体语义和丰富 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 注释,GeneSetEnrichment,MultipleComparison,软件,可视化 |
版本 | 测试盒框 |
在Bioconductor | BioC 2.9 (R-2.14)(4.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 3.0.0) |
进口 | 方法,plyr,qvaluestats4,AnnotationDbi,DO.db,igraph,尺度,reshape2、图形、GOSemSim、网格ggplot2 |
链接 | |
建议 | org.Hs.eg.db,clusterProfiler,ReactomePA,ChIPseeker,knitr |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/GuangchuangYu/DOSE |
全靠我 | |
进口我 | clusterProfiler,facopy,ReactomePA |
建议我 | ChIPseeker,GOSemSim |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | DOSE_2.4.0.tar.gz |
Windows二进制 | DOSE_2.4.0.zip |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | DOSE_2.4.0.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | DOSE_2.4.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/DOSE/tree/release-3.0 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/DOSE/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |