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此包适用于Bioconductor 3.0版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ChIPseeker．

用于芯片峰值注释、比较和可视化的ChIPseeker

Bioconductor版本:3.0

该软件包实现了检索峰值附近最近的基因，标注峰值基因组区域，统计方法估计ChIP峰值数据集之间重叠的显著性，并集成GEO数据库供用户将自己的数据集与数据库中保存的数据集进行比较。这种比较可以用来推断合作调节，从而可以用来产生假设。实现了一些可视化功能，以总结峰实验的覆盖范围、与TSS区域结合的峰的平均剖面和热图、基因组注释、与TSS的距离以及峰或基因的重叠。

作者:余光创

维护人员:guangchuangyu

安装

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文档

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browseVignettes(“ChIPseeker”)

PDF	R脚本	ChIPseeker:一个用于ChIP峰值注释、比较和可视化的R包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，ChIPSeq，MultipleComparison，软件，可视化
版本	1.2.6
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.0)
进口	BiocGenerics，AnnotationDbi，data.table，IRanges，GenomeInfoDb，GenomicRanges，GenomicFeatures，ggplot2，gplotsgrDevices,gtools、方法、plotrix，plyr，RColorBrewer，rtracklayer，S4Vectors，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
链接
建议	clusterProfiler，ReactomePA，剂量，GOSemSim，org.Hs.eg.db，knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker
全靠我
进口我
建议我	剂量，GOSemSim，ReactomePA
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	ChIPseeker_1.2.6.tar.gz
Windows二进制	ChIPseeker_1.2.6.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	ChIPseeker_1.2.6.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	ChIPseeker_1.2.6.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/ChIPseeker/tree/release-3.0
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPseeker/
软件包下载报告	下载数据