##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("SRAdb")

此包适用于Bioconductor的2.9版本;有关稳定的最新发布版本，请参见SRAdb．

NCBI SRA和工具的元数据编译

Bioconductor版本:2.9

序列读取档案(SRA)是来自下一代测序平台的最大的公共测序数据仓库，包括Roche 454 GS系统，Illumina基因组分析仪，Applied Biosystems SOLiD System, Helicos Heliscope等。然而，使用当前的工具查找感兴趣的数据可能是一项挑战。SRAdb试图使访问与提交、研究、样本、实验和运行相关的元数据变得更加可行。这是通过将所有NCBI SRA元数据解析到一个可以在本地存储和查询的SQLite数据库来实现的。包中的全文搜索使得查询元数据非常灵活和强大。可以下载Sra或Sra -lite文件进行本地对齐。随着新数据被添加到SRA, SQLite数据库会定期更新，并且可以随意下载最新的元数据。

作者:Jack Zhu和Sean Davis

维护人员:Jack Zhu

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("SRAdb")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“SRAdb”)

PDF		SRAdb.pdf
PDF		参考手册

细节

biocViews	DataImport，HighThroughputSequencing，基础设施，软件
版本	1.8.0
在Bioconductor公司	BioC 2.6 (R-2.11)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	RSQLite(> = 0.8 4),图，RCurl
进口	GEOquery
链接
建议	Rgraphviz
SystemRequirements
增强了
URL	http://watson.nci.nih.gov/
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	SRAdb_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	SRAdb_1.8.0.zip
Mac OS X 10.6(雪豹)
Mac OS X 10.9(小牛队)
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/SRAdb/tree/release-2.9
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SRAdb/
软件包下载报告	下载数据