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该包适用于生物导体的2.9版；对于稳定的最新版本，请参阅rtools4tb。

通过连接到Transcriptomebrowser数据库的公共微阵列数据挖掘。

生物导体版本：2.9

Transcriptomebrowser（Tbrowser）托管了从基因表达综合（GEO）数据库中自动提取的大量转录特征（TS）。处理每个GEO实验（GSE），以便将包含最相关/信息基因的原始表达矩阵的子集保留并组织为一组均匀的特征。使用从众多本体论或策划数据库获得的注释项（基因本体，KEGG，Biocarta，Swiss-Prot，BBID，BBID，SMART，NIH遗传关联DB，COG/KOG ...）测试每个签名的功能富集。RTools4TB软件包可用于对数据库进行复杂的查询。因此，rtools4tb可以有用（i）来定义生物学环境（即实验），其中一组基因共表达，并且（ii）定义其最常见的邻居。此外，RTools4TB还具有新的算法，“基于密度的过滤和Markov聚类”（DBF-MCL），其目标是分区大且嘈杂的数据集。DBF-MCL是一种树步骤的适应性算法，（i）在密集区域（即簇）（ii）中找到元素（ii）使用选定的项目来构造图形，并且（iii）使用MCL执行图形分区。该算法在RTOOLS4TB软件包中实现，尽管它需要类似于Unix的系统。

作者：Aurelie Bergon，Fabrice Lopez，Julien Textoris，Samuel Granjeaud和Denis Puthier

维护者：aurelie bergon

安装

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文档

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browsevignettes（“ rtools4tb”）

PDF		rtools4tb.pdf
PDF		参考手册

细节

生物浏览	注解，，，，分类，，，，聚类，，，，DataImport，，，，基因表达，，，，微阵列，，，，Onechannel，，，，软件，，，，两通道
版本	1.10.0
在生物导体中	Bioc 2.5（R-2.10）（6。5年）
执照	LGPL
要看	r（> = 2.5.1），生物酶，，，，林玛， 方法
进口
链接
建议	rcolorbrewer，，，，生物图，，，，全部
系统要求
增强
URL	http://tagc.univ-mrs.fr/tbrowser/
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

包源	rtools4tb_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	rtools4tb_1.10.0.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.6（雪豹）
Mac OS X 10.9（Mavericks）
颠覆源	（用户名/密码：ReadOnly）
git源	https://github.com/bioconductor-mirror/rtools4tb/tree/release-2.9
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/rtools4tb/
软件包下载报告	下载统计