IRanges
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这个包是2.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅IRanges。
基础设施用于操作间隔序列
Bioconductor版本:2.9
包提供了高效的底层和高度可重用的S4类存储范围的整数,RLE向量(行程长度编码),而且,更普遍的是,数据可以按顺序组织(正式定义为矢量对象),以及对这些矢量对象的看法。有效的类似类也提供了用于存储大的基本类的实例的集合。包中所有的类使用一致的命名和共享相同的富人和“向量API”尽可能一致。
作者:h .页,p . Aboyoun和m .劳伦斯
维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >
从内部引用(R,回车引用(“IRanges”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“IRanges”)
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“IRanges”)
| PDF |
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IRangesOverview.pdf |
| PDF |
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RleTricks.pdf |
| PDF |
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参考手册 |
细节
| biocViews |
DataRepresentation,基础设施,软件 |
| 版本 |
1.12.6 |
| Bioconductor自 |
BioC 2.3 (r - 2.8)(7.5年) |
| 许可证 |
艺术- 2.0 |
| 取决于 |
R(> = 2.8.0)、方法、效用,统计数据 |
| 进口 |
方法,跑龙套,统计数据 |
| 链接 |
|
| 建议 |
RUnit |
| SystemRequirements |
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| 增强了 |
|
| URL |
|
| 取决于我 |
BayesPeak,Biostrings,BSgenome,ChIPpeakAnno,chipseq,cn.mops,解读,exomeCopy,GenomicFeatures,GenomicRanges,Genominator,genoset,GGtools,girafe,harbChIP,htSeqTools,LiebermanAidenHiC2009,诊断,oneChannelGUI,图片,r3Cseq,rGADEM,rMAT,Rsamtools,segmentSeq,ShortRead,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20100427,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815,TEQC,VanillaICE,xmapcore |
| 进口我 |
AnnotationDbi,ArrayExpressHTS,BayesPeak,biocGraph,Biostrings,biovizBase,魅力,ChIPpeakAnno,chipseq,ChIPseqR,ChIPsim,ChromHeatMap,解读,DiffBind,EDASeq,fastseg,flowQ,gcrma,GenomicFeatures,GenomicRanges,genoset,ggbio,GGtools,girafe,MEDIPS,methVisual,马赛克,MotIV,MSnbase,诊断,oligoClasses,OTUbase,pd.081229.hg18.promoter.medip.hx1,pd.2006.07.18.hg18.refseq.promoter,pd.2006.07.18.mm8.refseq.promoter,pd.2006.10.31.rn34.refseq.promoter,pd.ag,pd.ath1.121501,pd.barley1,pd.bovine,pd.bsubtilis,pd.canine,pd.canine.2,pd.celegans,pd.charm.hg18.example,pd.chicken,pd.citrus,pd.cotton,pd.cytogenetics.array,pd.drosgenome1,pd.drosophila.2,pd.e.coli.2,pd.ecoli,pd.ecoli.asv2,pd.feinberg.hg18.me.hx1,pd.feinberg.mm8.me.hx1,pd.genomewidesnp.5,pd.genomewidesnp.6,pd.hc.g110,pd.hg.focus,pd.hg.u133.plus.2,pd.hg.u133a,pd.hg.u133a.2,pd.hg.u133a.tag,pd.hg.u133b,pd.hg.u219,pd.hg.u95a,pd.hg.u95av2,pd.hg.u95b,pd.hg.u95c,pd.hg.u95d,pd.hg.u95e,pd.ht.hg.u133.plus.pm,pd.ht.hg.u133a,pd.ht.mg.430a,pd.hu6800,pd.huex.1.0.st.v2,pd.hugene.1.0.st.v1,pd.hugene.1.1.st.v1,pd.maize,pd.mapping250k.nsp,pd.mapping250k.sty,pd.mapping50k.hind240,pd.mapping50k.xba240,pd.medicago,pd.mg.u74a,pd.mg.u74av2,pd.mg.u74b,pd.mg.u74bv2,pd.mg.u74c,pd.mg.u74cv2,pd.mirna.1.0,pd.moe430a,pd.moe430b,pd.moex.1.0.st.v1,pd.mogene.1.0.st.v1,pd.mogene.1.1.st.v1,pd.mouse430.2,pd.mouse430a.2,pd.mu11ksuba,pd.mu11ksubb,pd.pae.g1a,pd.plasmodium.anopheles,pd.poplar,pd.porcine,pd.rae230a,pd.rae230b,pd.raex.1.0.st.v1,pd.ragene.1.0.st.v1,pd.ragene.1.1.st.v1,pd.rat230.2,pd.rg.u34a,pd.rg.u34b,pd.rg.u34c,pd.rhesus,pd.rice,pd.rn.u34,pd.s.aureus,pd.soybean,pd.sugar.cane,pd.tomato,pd.u133.x3p,pd.vitis.vinifera,pd.wheat,pd.x.laevis.2,pd.x.tropicalis,pd.xenopus.laevis,pd.yeast.2,pd.yg.s98,pd.zebrafish,pdInfoBuilder,图片,R453Plus1Toolbox,REDseq,Repitools,rGADEM,rMAT,rnaSeqMap,Rolexa,Rsamtools,rtracklayer,segmentSeq,ShortRead,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20100427,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815,TSSi,VanillaICE,VariantAnnotation |
| 建议我 |
HilbertVis,HilbertVisGUI,Repitools,yeastRNASeq |
| 构建报告 |
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包档案
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指示在R会话中使用这个包。
